appel à candidature pour une thèse sur le projet REFUGE

illustration ville fractaleProjet REFUGE (Réseaux Ecologiques, Forme Urbaine et flux GÉnétiques)

 

Sujet de la thèse

Evaluer la capacité des formes urbaines au maintien de la biodiversité : approche par la simulation

 

Contexte et objectif

La thèse se place dans le cadre du projet REFUGE (appel CNRS 80|PRIME) qui concerne la biodiversité au sein des agglomérations urbaines. Elle vise à comparer différentes formes de croissance urbaine selon leur capacité à maintenir des populations animales à long terme. L’hypothèse principale est que sous certaines conditions, la forme de ville fractale a des propriétés avantageuses sur le plan écologique, et que plus globalement, les formes urbaines se différencient selon leur capacité à offrir un cadre viable aux populations animales.

Du point de vue méthodologique, il s’agira de comparer des scénarios différenciés de développement urbain, de façon prospective, et d’évaluer pour chacun l’évolution de la diversité et la structure génétique de plusieurs groupes d’espèces. Cette démarche reposera sur un couplage entre un modèle de simulation de la croissance urbaine dont le paramétrage permettra de produire différentes formes, et un modèle de simulation de flux génétiques mis en œuvre de façon dynamique, en fonction de l’évolution des usages du sol définie dans le premier modèle. Les cas étudiés seront d’une part des villes théoriques, d’autre part l’agglomération de Lyon.

 

Encadrement et moyens mis à disposition

La thèse sera codirigée par Jean-Christophe Foltête (UMR ThéMA, université de Franche-Comté) et Stéphane Garnier (UMR Biogéosciences, université de Bourgogne). Elle bénéficiera également de l’appui financier du projet REFUGE et l’appui scientifique des participants à ce projet : en modélisation spatiale, géomatique et développement informatique à ThéMA et en écologie, génétique des populations et génétique du paysage à Biogéosciences.

 

Compétences attendues et candidature

Le ou la candidat(e) doit être titulaire soit d’un master en géographie, soit d’un master en écologie ou biologie de l’évolution. Dans le premier cas, nous attendons un géographe spécialisé en modélisation de l’environnement (la connaissance de l’écologie du paysage est un plus), pour lequel une acquisition des concepts et outils de la génétique des populations sera nécessaire. Dans le second cas, nous attendons un ou une biologiste/écologue qui devra disposer ou acquérir de bonnes compétences en analyse spatiale, et avoir un goût prononcé pour les approches théoriques.

 

Les candidatures doivent être adressées jusqu’au 20 septembre 2019 par mail (CV et lettre de motivation) à Jean-Christophe Foltête : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Une description plus détaillée du projet est accessible ICI.

Pour toute information complémentaire, voir avec Jean-Christophe Foltête ou Stéphane Garnier (Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.).

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les nouvelles imageries multispectrale et synchrotron illuminent les fossiles du Paris Biota

En 2017, une équipe internationale de paléontologues et sédimentologues publiait le premier gisement paléontologique marin à préservation exceptionnelle daté du Trias inférieur : le Paris Biota1. Daté de moins de 1,5 millions d’années après l’extinction de masse de la limite Permien/Trias (251,9 millions d’années), cet écosystème fossile diversifié et complexe remet en cause plusieurs scénarios couramment admis pour le Trias inférieur. Jusqu’à présent, la plupart des fossiles du Paris Biota n'avaient pas encore pu être formellement décrits, notamment car ils nécessitaient une préparation manuelle très délicate et risquée afin d’accéder aux structures anatomiques cachées dans la matrice sédimentaire. De plus, ces fossiles étant aplatis, la traditionnelle microtomographie à rayons X ne permet pas d’obtenir d’informations complémentaires sur ces fossiles aussi rares que fragiles. Un travail interdisplinaire de fond mené sur deux années aura été nécessaire pour étudier les centaines de spécimens fossiles trouvés à ce jour. Ces travaux, menés en collaboration entre différents laboratoires français2 et étrangers, viennent de faire l’objet d’un volume entier de la revue Geobios paru au mois de juin3.

Plus particulièrement, l’utilisation de techniques d’imagerie multispectrale développées par le laboratoire IPANEMA, inédites en paléontologie, combinée à la cartographie d’éléments chimiques rendue possible grâce à la micro-fluorescence de rayons X réalisée sur la ligne de lumière DiffAbs du synchrotron Soleil, ont révélé l’existence de nombreux détails anatomiques, à travers des contrastes physico-chimiques au sein des fossiles, jusqu’alors non détectés. Certains caractères anatomiques cachées dans la matrice sédimentaire couvrant le spécimen ont ainsi pu être dévoilés (Figure 1). A la plus grande surprise de l’équipe de chercheurs, de spectaculaires spécimens « fantômes », invisibles ou quasi imperceptibles en lumière naturelle, sont apparus aux côtés d’autres spécimens, eux parfaitement visibles (Figure 2).

Ces travaux fournissent de nombreuses informations nouvelles sur la paléobiologie, le paléoenvironnement ainsi que la préservation de ces organismes appartenant à un écosystème unique. Elles questionnent également la diversité et l’abondance réelles de ces organismes, à l’évidence encore largement sous-estimées. Dans le contexte du Trias inférieur, pour lequel diversité et abondance des organismes dans les assemblages locaux et régionaux sont des paramètres clés pour élaborer des scénarios précis de rediversification post-crise, ces études soulignent qu'il sera primordial d'intensifier les efforts d'échantillonnage tout en utilisant régulièrement de telles méthodes d'imagerie pour différents sites et paléoenvironnements. Appliquée à d’autres gisements paléontologiques de par le monde, les nouvelles approches déployées permettront sans doute dans les années à venir de révéler de nouveaux contenus paléontologiques jusqu’alors insoupçonnés.

1 Voir «   Après la plus grande extinction de tous les temps, des fossiles exceptionnels dévoilent une biodiversité inattendue »:
-    http://archives.cnrs.fr/inee/article/b247.

2 Le Laboratoire Biogéosciences (UMR 6282 CNRS/Université de Bourgogne), le Laboratoire Magmas et Volcans (UMR 6524 CNRS/IRD/Université Blaise Pascal Clermont-Ferrand), l’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (UMR 5242 CNRS/ENS de Lyon/Université Claude Bernard Lyon 1), le Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (UMR 5023 CNRS/ENTPE/Université Claude Bernard Lyon 1), le Centre de Recherche en Paléontologie (UMR 7207 CNRS/MNHN/Sorbonne Université) et IPANEMA (CNRS/Ministère de la Culture/Univ Versailles Saint-Quentin).

3 https://www.sciencedirect.com/journal/geobios/vol/54/suppl/C.
Brayard A., Fara E., Escarguel G. (édits.), 2019. The Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA): an exceptional window on the Early Triassic marine life. Geobios 54, pp. 1-94.

Les travaux de l’équipe coordonnée par A. Brayard (Biogéosciences), initialement soutenus par la FRB (Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité), le CNRS (Programme INSU-INTERRVIE), et par l’Agence Nationale de la Recherche (projet « AFTER » 2013-2017), sont actuellement financées par l’I-SITE Bourgogne Franche-Comté.

Références des différents articles du volume spécial:
-    Brayard A., Fara E., & Escarguel G., 2019: Foreword for the thematic issue “The Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA): an exceptional window on the Early Triassic marine life”. Geobios 54: 1-3.
-    Botting J., Brayard A. & the Paris Biota team, 2019: A late-surviving Triassic protomonaxonid sponge from the Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA). Geobios 54: 5-11.
-    Brayard A., Jenks J., Bylund K.G. & the Paris Biota team, 2019: Ammonoids and nautiloids from the earliest Spathian Paris Biota and other early Spathian localities in southeastern Idaho, USA. Geobios 54: 13-36.
-    Charbonnier S., Brayard A. & the Paris Biota team, 2019: New thylacocephalans from the Early Triassic Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA). Geobios 54: 37-43.
-    Saucède T., Vennin E., Fara E., Olivier N. & the Paris Biota team, 2019: A new holocrinid (Articulata) from the Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA) highlights the high diversity of Early Triassic crinoids. Geobios 54: 45-53.
-    Thuy B., Escarguel G. & the Paris Biota team, 2019: A new brittle star (Ophiuroidea: Ophiodermatina) from the Early Triassic Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA). Geobios 54: 55-61.
-    Romano C., Argyriou T., Krumenacker L.J. & the Paris Biota team, 2019: Chondrichthyan teeth from the Early Triassic Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA). Geobios 54: 63-70.
-    Brayard A., Gueriau P., Thoury M., Escarguel G. & the Paris Biota team, 2019: Glow in the dark: use of synchrotron μXRF trace elemental mapping and multispectral macro-imaging on fossils from the Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA). Geobios 54: 71-79.
-    Iniesto M., Thomazo C., Fara E. & the Paris Biota team, 2019: Deciphering the exceptional preservation of the Early Triassic Paris Biota (Bear Lake County, Idaho, USA). Geobios 54: 81-93.

Contacts scientifiques:
-    Arnaud Brayard | T 03 80 39 36 95 | Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
-    Mathieu Thoury | T 01 69 35 81 97 | Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
-    Gilles Escarguel | T 04 72 44 84 24| Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

Figure 1 :

ParisBiota1
Fig. 1. Tige proximal d’un crinoïde du Paris Biota sous lumière naturelle (A) et par cartographie de micro-fluorescence des rayons X (B) (carte/distribution du strontium obtenue sur la ligne DiffAbs du synchrotron Soleil) révélant la présence de nombreuses cirres cachées dans la matrice sédimentaire. Modifié d’après Saucède et al. (2019). Barre d’échelle : 10 mm.

Figure 2 :

ParisBiota2
 
Fig. 2. Vue d’une plaque fossilifère du Paris Biota sous lumière naturelle (A) et image composite correspondante (B) obtenue sous différents couples d’illumination/détection, notamment en infrarouge, révélant la présence de plusieurs spécimens « fantômes » de crevettes (« c ») alors que ces dernières sont très faiblement détectables sous lumière naturelle. « e » : écaille de poisson. La taille du spécimen en haut de l’image B est de 20 mm. Modifié d’après Brayard et al. (2019).

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soutenance de thèse de Paul Perron

Tectonique et architecture des bassins intracratoniques Paléozoïques : Impact sur l’enregistrement sédimentaire et la géométrie des réservoirs associés. Exemple de la marge Nord Gondwanienne

Paul Perron soutiendra sa thèse le jeudi 27 juin 2019 à 14 heures dans l'amphithéâtre Guyton de Morveau.

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article de Chloé Laubu publié dans les Proceedings de Londres

Peine de coeur dans l’aquarium : le chagrin d’amour rend les poissons pessimistes

« Un seul être vous manque et tout est dépeuplé. » Quand celui ou celle que vous aimez est loin de vous, tout parait terne, vous ne voyez plus le monde à travers les lunettes roses de l’amour. Il est possible qu’un tel attachement émotionnel existe aussi chez les animaux. Le cichlidé zébré Amatitlania siquia est un petit poisson monogame qui forme des couples stables dans le temps et se caractérise par l’étroite coordination entre les parents lors de la construction du nid et les soins parentaux. C’était donc un parfait candidat pour tester l’idée qu’il n’y a pas que chez l’humain que les états émotionnels sont affectés par l’absence du partenaire. Des biologistes du comportement de l’université de Bourgogne à Dijon sont parvenus à quantifier objectivement l’impact émotionnel de la séparation d’avec le partenaire : quand celui-ci était retiré de l’aquarium, l’individu restant devenait pessimiste. Cette étude est la première démonstration chez l’animal d’un attachement émotionnel à son partenaire. Elle interroge aussi sur la fonction adaptative d’un tel attachement.

N'hésitez pas à télécharger la suite du communiqué de presse et à consulter tous les détails sur la couverture médiatique !

Référence :
Laubu C, Louâpre P, Dechaume-Moncharmont F-X. 2019. Pair-bonding influences affective state in a monogamous fish species. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 20190760

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article de Jean-François Buoncristiani et Benjamin Pohl dans The Conversation

Un article de Jean-François Buoncristiani et Benjamin Pohl intitulé "Réchauffement climatique sur le mont Blanc : le nombre de jours de gels va s’effondrer d’ici 2100" vient d'être publié sur le site français de The Conversation. Cet article de diffusion de la culture scientifique reprend lui-même un travail scientifique publié dans la revue Nature Scientific Reports. Ces travaux sont issus du programme de recherche ANR VIP-Mont-Blanc et ont été menés en collaboration avec le laboratoire ThéMA de Besançon.

Résumé : Des résultats récemment publiés dans la revue Nature Scientific Report montrent clairement une forte tendance à la baisse du nombre de jours de gel durant le XXIe siècle sur le massif du Mont-Blanc. Les effets se feront surtout ressentir à partir des années 2050, et seront majeurs en haute altitude, entraînant alors une diminution de 45 à 50 % du nombre de jours de gel par rapport à aujourd’hui.

Pour plus d'infos, consultez le communiqué de presse.

Référence : Benjamin Pohl, Daniel Joly, Julien Pergaud, Jean-François Buoncristiani, Paul Soare et Alexandre Berger 2019. Huge decrease of frost frequency in the Mont-Blanc Massif under climate change. Nature Scientific Report 9, 4919. doi: 10.1038/s41598-019-41398-5

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appel à candidature pour une thèse à l’interface entre écologie et géographie

Sujet de la thèse : Evaluer la capacité des formes urbaines au maintien de la biodiversité : approche par la simulation

Dans le cadre du projet REFUGE (appel CNRS 80|PRIME), une allocation de thèse (acquise) est proposée conjointement par les laboratoires ThéMA et Biogéosciences. La thèse porte sur la biodiversité au sein des agglomérations urbaines. Elle vise à comparer différentes formes de croissance urbaine selon leur capacité à maintenir des populations animales à long terme, avec l’hypothèse que certaines formes de développement du bâti (fractales par exemple) ont des propriétés intéressantes à cet égard. Elle va consister à associer des domaines scientifiques habituellement séparés : la géoprospective urbaine, la génétique des populations et du paysage. Sur le plan méthodologique, ce travail sera basé essentiellement sur la modélisation spatiale. Il va nécessiter le couplage de modèles de développement urbain et de modèles de simulation génétique appliqués. Les cas d’applications seront des villes théoriques ainsi que l’agglomération de Lyon.

La thèse sera codirigée par Jean-Christophe Foltête (UMR ThéMA, université de Franche-Comté) et Stéphane Garnier (UMR Biogéosciences, université de Bourgogne). Elle bénéficiera de l’appui scientifique des participants au projet REFUGE : en modélisation spatiale, géomatique et développement informatique à ThéMA et en écologie, génétique des populations et génétique du paysage à Biogéosciences.

 

Compétences attendues et candidature

Le ou la candidat(e) doit être titulaire soit d’un master en géographie, soit d’un master en écologie ou biologie de l’évolution. Dans le premier cas, nous attendons un(e) géographe spécialisé(e) en modélisation de l’environnement (la connaissance de l’écologie du paysage est un plus), pour lequel une acquisition des concepts et outils de la génétique des populations sera nécessaire. Dans le second cas, nous attendons un ou une biologiste/écologue qui devra disposer ou acquérir de bonnes compétences en analyse spatiale. Dans tous les cas, le sujet exigera d’avoir un goût prononcé pour les approches théoriques.

Les candidatures doivent être adressées jusqu’au 7 juin 2019 par mail (CV et lettre de motivation) à Jean-Christophe Foltête.

Un descriptif plus détaillé du sujet ainsi que la bibliographie indicative sont accessibles par ce lien.

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Les premiers dinosaures ont laissé leurs empreintes en Ardèche

Dans le cadre d’une convention passée entre l’université de Bourgogne (représentée par le laboratoire Biogéosciences, UMR uB/CNRS/EPHE 6282) et le Parc naturel régional des Monts d’Ardèche, l’étude et la valorisation du patrimoine paléontologique du Geopark des Monts d’Ardèche se développe autour des traces de reptiles fossiles. En effet, cette région est célèbre pour sa richesse en empreintes datant de la période du Trias (intervalle géologique compris entre 252 et 201 millions d’années).

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séminaire - vendredi 25 janvier 2019

Séminaire CDoums fourmiThe evolution of thelytoky in social insects: an opportunity for workers to rewind the tape of social evolution or for queens to avoid sex?

Dr Claudie Doums, Institut de SYstématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB)

Amphithéâtre Monge, à 11 heures

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réunion de la Société géologique de France 13 et 14 février 2019

Thumbnail imageForages profonds en France : 30 ans de résultats

La section stratigraphie de la Société géologique de France organise, en coopération avec l’Andra et le BRGM, une séance spécialisée les 13 et 14 février 2019. Les objectifs de cette séance sont nombreux. Il s’agit principalement de réunir la communauté des géosciences utilisant des forages afin de partager expériences et compétences, susciter d’éventuelles coopérations, renforcer les liens entre mondes académique et industriel. Il s’agit également de valoriser auprès de la communauté française des géosciences des savoir-faire et résultats acquis ces dernières années. Ainsi des forages anciens, parfois de plusieurs dizaines d’années, font l’objet de nouvelles études avec des approches et problématiques originales. Les thématiques des géosciences requièrent de plus en plus d’analyses à très haute résolution que seuls les forages carottés, associés aux données diagraphiques, peuvent apporter.

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Elise Chenot co auteure d'un article publié dans Nature

Thumbnail image Le phénomène de fluidisation des roches explique comment l’impact d’un astéroïde peut créer instantanément des ‘Himalayas’

Il y a environ 66 millions d’années, à la fin du Crétacé, un astéroïde de la taille d’une petite ville est entré en collision avec la Terre, mettant fin au règne des dinosaures et éradiquant 76 % des espèces de la planète. Les scientifiques ont récemment dressé un tableau détaillé des minutes qui ont suivi l’impact géant grâce à l'analyse des roches forées en 2016 au sein du cratère de Chicxulub, au Mexique.

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séminaire - mercredi 19 décembre 2018

SeminaireGCaravaca3D Digital Outcrop Model reconstruction and Virtual Reality application for geological mapping and exploration of planetary bodies: example of the Kimberley outcrop, Gale Crater, Mars.

Gwénaël Caravaca, UMR CNRS 6112 LPG Laboratoire de Planétologie et Géodynamique, Université de Nantes

Amphithéâtre Guyton de Morveau, à 11 heures

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