thèse de Jérôme Thomas

Collections et recherche en paléontologie : enjeux, état des lieux et devenir

 
Directeurs : Bruno David et Michel Guiraud (MNHN Paris)
Début de thèse : octobre 2010

 

Contexte de l’étude :

 

Ce projet proposé à l’école doctorale E2S de l’université de Bourgogne concerne le rôle des fossiles, doublement envisagés comme supports de recherche et comme objets patrimoniaux. L’objectif central du travail sera de cerner les complémentarités et les antagonismes de ces deux facettes dans un contexte universitaire notamment. Bien que fortement connoté « muséologie », ce projet trouve pleinement sa place au sein du laboratoire Biogéosciences qui est coordonnateur d’un réseau national désormais bien implanté : Trans’Tyfipal®. Les objectifs de ce programme sont la numérisation des types et figurés paléontologiques conservés en France, leur mise à disposition sur le web et, corrélativement, la constitution d'un maillage des collections paléontologiques abritées par les principaux musées et universités de France.

Un rapide tour d’horizon permet de constater que la diversité des institutions de conservation (MNHN, universités, muséums, musées polyvalents, associations et privés), des types de collections (valorisation, recherche ou enseignement), des statuts juridiques, des objectifs de recherche (INEE, INSU, FRB) et des politiques de conservation (Ministère de la Recherche, Ministère de la Culture) ne favorisent pas une lecture aisée du potentiel « recherche » des collections paléontologiques françaises.

Alors que les demandes scientifiques nationale et internationale s’intensifient pour le partage des données numérisées (programmes GBIF, ONB) et l’accessibilité aux collections (programme européen Synthesys), il n’existe pas de définition précise du périmètre des collections de recherche, ni d’outil global permettant d’accéder (physiquement ou virtuellement) aux collections paléontologiques françaises et aux métadonnées associées.

 

Problématiques du projet doctoral :

Ce projet de thèse s’articule autour de trois questions principales :

- Qu’est-ce qu’une collection de recherche en paléontologie et quels sont les critères qui permettent d’en délimiter le contenu et d’en fournir les métadonnées pertinentes ?

 

 

- Quel est l’état des collections paléontologiques conservées en France au vu des critères élaborés ?

 

 

- Comment peut-on mettre en place un nouvel outil permettant de répertorier les informations concernant les collections afin de les rendre plus accessibles (plutôt que de continuer à accroître la quantité de spécimens comme le préconise Washburn, 1984[i]) ?

 

Réalisation pratique du projet :

Le projet sera abordé selon une démarche articulée en trois temps : définition, état des lieux, proposition de structuration.

 

1. La représentativité des collections et des métadonnées associées sera étudiée à partir de la bibliographie existante en prenant en compte la diversité des contextes énoncés :

 

 

- les biais constatés entre l’enregistrement fossile et les collections conservées (par exemple le biais esthétique constaté par Fara & al., 2005[ii], Hunter & al., 2005[iii] et Davis & al., 2007[iv]) ;

 

 

- l’évolution de l’intérêt des collections au cours du temps (comme la nouvelle étude de la faune de Burgess l’a montré 60 ans après sa mise en collection, Gould, 1991[v]) ;

 

 

- la comparaison avec les définitions données à l’étranger et les métadonnées associées (ABCD et Darwincore) ;

 

 

- l’étude des thématiques actuelles et prospectives de recherche en paléontologie (rapports et prospectives INSU, INEE, FRB et APF).

 

 

Ces définitions permettront de déterminer des critères sélectifs dans les collections scientifiques.

 

2. Les cartographies sectorielles seront possibles par la réactualisation des catalogues des collections paléontologiques (Prieur et al., 1980[vi], Cleevely R.J., 1983[vii] et Webby B.D., 1989[viii]) et le traitement de ces métadonnées par :

 

 

- la numérisation des métadonnées contenues dans les catalogues existants,

 

 

- la réactualisation des métadonnées par l’envoi d’un nouveau questionnaire utilisant les critères définis aux établissements détenteurs ;

 

 

- la mise en forme des métadonnées dans une base de données ;

 

 

- la mise au point d’un système de représentation graphique interrogeable suivant différents paramètres (répartitions géographiques des collectes, des lieux de conservation, des types de collections (recherche, enseignement, exposition), répartition temporelle des collectes et des stratigraphies, etc.).

 

3. La structuration d’un outil multimédia permettra la diffusion générale des métadonnées et des données moissonables. Sa mise au point passe par les étapes suivantes :

 

 

- analyse de l’interopérabilité avec des bases bibliographiques (INIST, web of sciences et Capadoce), avec les bases de données « biodiversité » (Ecoscope, ONB) et avec des programmes internationaux (GBIF, LifeWatch, GeoBon, Paleobiology Database, Chronos) ;

 

 

- création du modèle sémantique de structuration des données en fonction des analyses précédentes ;

- recherche d’un établissement porteur pour le développement du modèle informatique et le déploiement de l’outil (MNHN, Trans’Tyfipal, GBIF France ou FRB, etc.).

 



 
 

[i] Washburn W.E., 1984. Collecting information, not objects. Museum News, Vol. 62 (3) : 5-15.

 
 

[ii] Fara E., Saraiva A., Campos D.A., Moreira J.K.R., Siebra D.C. & Kellner A.W.A., 2005. Controlled excavations in the Romualdo Member of the Santana Formation (Araripe Basin, Lower Cretaceous, northeastern Brazil) : stratigraphic, palaeoenvironmental and palaeoecological implications. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 218 (1-2), pp. 145-160.

 

[iii] Hunter, A.W. & Donovan, S.K., 2005. Field sampling bias, museum collections and completeness of the fossil record. Lethaia, Vol. 38, pp. 305–314.

 

[iv] Davis E. B. & Pyenson N. D., 2007. Diversity biases in terrestrial mammalian assemblages and quantifying the differences between museum collections and published accounts : A case study from the Miocene of Nevada. Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology, 250, pp. 139-149.

 

[v] Gould S.J., 1991. La vie est belle : les surprises de l’évolution. Seuil, Paris.

 

[vi] Prieur A. (avec la collaboration de Gaillard M. et Vigne H.), 1980. Catalogue des collections paléontologiques françaises. Office national de gestion des collections paléontologiques françaises, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, 307 p.

 

[vii] Cleevely R.J., 1983. World palaeontological collections. Britsh Museum (Natural History) , 365p.

 
 

[viii] Webby B.D., 1989. Fossil collections of the world : an International Guide. International Palaeontological Association, Washington D.C.

 

thèse d'Élise Chenot

Changements climatiques et océanographiques au cours du campanien. Approche couplée minéralogie et géochimie

Financement : ANR Anox-sea

Directeur : Jean-François Deconinck

Début de la thèse : octobre 2014

 

Résumé

Le Crétacé supérieur est marqué par un refroidissement à long terme et par des changements paléogéographiques majeurs pouvant avoir eu un impact sur les modes de circulation océanique. Le refroidissement présente une accélération au cours du Campanien, période qui comporte aussi un changement significatif dans les cortèges argileux pouvant signer le passage à un mode climatique sensiblement différent. Cette période semble également marquée par un changement majeur de la circulation océanique, identifié par les données de composition isotopique en néodyme (eNd). La nature de ce changement reste cependant controversée et il est nécessaire d’élargir la résolution spatiale et temporelle de ce type de données pour pouvoir l’identifier.

L’objectif principal de cette thèse est de déterminer l’extension spatiale du changement de cortèges argileux identifié dans la Téthys et d’explorer les liens potentiels entre ce changement probablement d’origine climatique et les changements de circulation océanique identifiés par l’eNd.

Un premier volet sera consacré à l’étude des cortèges argileux au cours du Campanien, par l’acquisition de nouvelles données et l’intégration de celles-ci dans un cadre spatial plus large défini par la réalisation d’une compilation des données existantes. Le second volet sera consacré à l’acquisition de nouvelles données d’eNd, à la fois au niveau d’affleurements et par le biais de forages ODP disponibles. Les résultats obtenus seront replacés dans un cadre plus global afin de discuter l’influence possible des changements tectoniques majeurs sur le climat et la circulation océanique.

thèse de Margot Bernardi

Thumbnail imageL’audition chez les primates : entre forme, fonction, écologie et comportement

Financement : contrat doctoral Paris sciences et lettres

Directeur de thèse : Sophie Montuire ; co-encadrant : Sébastien Couette

Début : octobre 2015

 

Résumé

La morphologie de la base du crâne, et en particulier celle de l’oreille, a fait l’objet de nombreuses études, très souvent menées dans une optique phylogénétique. Depuis l’essor des nouvelles techniques d’acquisition telles que la micro-tomographie (µCT), de nouvelles données morphologiques sont disponibles. Ainsi, l’intérêt pour la morphologie de l’oreille interne et moyenne, jusqu’ici inaccessible, est grandissant pour de nombreux groupes de mammifères.  L’oreille est le siège de l’audition et de l’équilibre mais la plupart des études menées sur les mammifères se sont focalisées sur la seconde de ces fonctions. L’audition est une des fonctions centrales dans la survie et la reproduction des mammifères. La sensibilité auditive est variable entre les différentes espèces de primates, laissant supposer une action adaptative de la sélection naturelle sur cette fonction liée aux paramètres socio-écologiques. L’ordre des primates est le troisième ordre le plus diversifié (en nombre d’espèces) des mammifères, mais c’est aussi celui dont les traits d’histoire de vie, les modes de vie, les comportements et les interactions sociales sont les plus divers.

L’objectif de ce projet est de quantifier et de comprendre les variations morphologiques du système auditif chez le groupe des primates. Il sera abordé selon quatre angles principaux :
- maturation de la morphologie de l’oreille au cours de la croissance,
- morphologie de l’oreille et vocalisations,
- morphologie de l’oreille et caractéristiques socio-écologiques,
- morphologie de l’oreille et hypothèses paléo-écologiques et paléo-environnementales chez les espèces fossiles.

 

Mots-clés

primate, oreille, morphologie, audition, vocalisations, paléo-écologie

thèse de Salomé Fabri-Ruiz

Thumbnail imageEcorégionalisation de l'océan Austral, distribution des faunes d'échinides et focus sur la zone sensible des îles Kerguelen

financement : école doctorale environnement santé

encadrants : Thomas Saucède (université de Bourgogne) et Bruno Danis (université libre de Bruxelles), thèse en cotutelle

Début de la thèse : octobre 2015

 

Résumé

L’étude de la structuration biogéographique des océans est actuellement menée selon deux approches : (1) l'analyse comparative de la composition et de la distribution des communautés marines, et (2) l'écorégionalisation, analyse conjointe des paramètres biotiques et abiotiques de l’environnement ainsi que des communautés marines associées. Dans le cas de l’océan Austral, les écorégions reconnues reposent principalement sur l'analyse de paramètres océanographiques, l’analyse des communautés marines étant abordée de façon qualitative.

Objectifs de la thèse :
(1) Améliorer les modèles de distribution d’espèces existants afin de mieux contraindre leur réalisme biologique.
(2) En combinant les modèles de distribution produits, proposer une écorégionalisation de l'océan Austral pour les faunes d'oursins.
(3) Sur la base des scénarios de changement climatique disponibles, produire des cartes de risque pour les assemblages d'oursins. Cette dernière partie s'intéressera tout particulièrement à la situation des îles Kerguelen qui hébergent une importante biodiversité jugée comme particulièrement vulnérable aux modifications attendues.

 

Mots clés

échinides, modélisation, niche écologique, écorégionalisation, océan Austral, Kerguelen

 

Membres du comité

Thomas Saucède
Bruno Danis
Emmanuel Farra
Philippe Koubbi

thèse de Chloé Laubu

Thumbnail imageRègles de décision en contexte de choix : influence du contexte social et de la personnalité

financement : école doctorale environnement-santé

directeur : François-Xavier Dechaume-Moncharmont

début de thèse : octobre 2015

 

Résumé

Un des intérêts majeurs de l’écologie comportementale est de prédire le comportement des individus par une approche économique des couts et des bénéfices des différentes actions possibles pour un individu (le pari phénotypique) (Fawcett et al.,  2012). Un décalage est néanmoins fréquemment observé entre les modèles prédictifs de stratégies optimales et les observations expérimentales (Kahneman, 2012). Plusieurs hypothèses non exclusives sont proposées pour l’expliquer. Par exemple, certaines invoquent l’artificialité des tests expérimentaux trop éloignés des conditions naturelles (individu isolé par exemple). D’autres mettent en avant les capacités cognitives extraordinaires qu’il faudrait pour trouver les stratégies optimales : l’environnement dans lequel les règles de décision évoluent est tellement complexe, dynamique et imprévisible qu’il semble impossible que la sélection naturelle ait pu façonner des réponses comportementales optimales pour chaque situation rencontrée par l’animal (Fawcett et al., 2012). Il serait plus probable que des mécanismes cognitifs permettant à l’individu d’avoir des réponses performantes dans différentes situations, même si elles peuvent être sous-optimales, aient été sélectionnés au cours de l’évolution. Dans ce contexte, le concept de rationalité écologique est une approche qui vise à mesurer l’efficacité des règles décisionnelles en prenant en compte à la fois le cadre écologique  dans lequel s’expriment les décisions individuelles (environnement physique et social), et les capacités cognitives des individus aboutissant aux prises de décision (Todd & Gigerenzer, 2007). C’est dans ce courant de recherche que s’intègre mon projet de recherche.

Le premier volet de ma thèse consiste à déterminer si les stratégies de choix des individus changent en fonction du contexte social. Les individus perçoivent-ils la compétition et sont-ils capables de s’y ajuster en modulant leurs règles de décision? Classiquement, le choix de partenaire sexuel est évalué via des tests très standardisés où plusieurs stimuli sont présentés à un seul individu. Pourtant, en milieu naturel, les conspécifiques, eux aussi à la recherche d’un partenaire, sont fréquents et il est probable que la compétition qui en résulte influence fortement l’évolution des stratégies d’échantillonnage (Etienne et al., 2014). Il parait donc crucial d’étudier les stratégies de choix en tenant compte des interactions potentielles aboutissant à une compétition pour la ressource, afin de mesurer l’avantage réel à être ou non sélectif pour faire un choix dans un contexte écologique réaliste. Si les stratégies d’échantillonnage ont évolué de manière à répondre à une forte compétition, les individus pourraient être peu sélectifs afin de ne pas prendre le risque de rater une reproduction parce que tous les bons partenaires auront été pris (Dechaume-Moncharmont et al., 2016). À l’inverse, en cas de faible compétition, les individus pourraient se permettre de prendre le temps et l’énergie pour échantillonner différents partenaires et choisir le meilleur.

Le second volet concerne les différences entre les individus dans leur stratégie d’échantillonnage et dans leur capacité à les ajuster en fonction de la compétition.  De nombreux travaux récents soulignent la variabilité de styles cognitifs entre les individus, en lien avec leur type comportemental (Réale et al., 2007 ; Sih & Del Giudice, 2012). Par exemple, les individus proactifs feraient des choix rapides mais de manière peu flexible alors que les individus réactifs feraient des choix de manière flexible mais plus lentement. Il pourrait donc exister des différences individuelles dans les stratégies de choix adoptées par les individus et dans leur capacité à les moduler en fonction du niveau de compétition. Une étude précédente nous a permis d’observer que les poissons cichlidés zébrés qui étaient réactifs (peu agressifs, timides et peu explorateurs) étaient plus flexibles pour ajuster leur comportement à celui de leur partenaire sexuel (Laubu et al. accepté). Il s’agira ici de déterminer si cette différence de flexibilité est retrouvée pour l’ajustement des règles de décision en fonction du contexte social.

Le troisième volet repose sur les mécanismes cognitifs à l’origine de l’ajustement des règles de décision en réponse à la compétition. Les écologistes ont jusqu’à récemment peu étudié les mécanismes cognitifs à l’origine des choix, en supposant simplement que la sélection naturelle façonnait les stratégies optimales (Castellano, 2009 ; Fawcett et al., 2012). Pourtant cette question n’est pas anodine, car répondre de manière optimale à chaque situation requerrait des capacités cognitives extrêmement élaborées et couteuses ainsi qu’une connaissance parfaite de l’environnement. Comment alors les individus arrivent-ils à se comporter de manière efficace sans pour autant connaitre les solutions théoriquement optimales ? Une explication possible, qui rassemble de plus en plus de biologistes du comportement, est que la prise de décision est en fait modelée par des mécanismes simples, utilisant l’information avec parcimonie, les heuristiques. Ces dernières permettent non pas de répondre de manière optimale à chaque situation donnée, mais de répondre de manière performante sur le long terme à un grand nombre de situations (Gigerenzer, 2008 ; Todd & Gigerenzer, 2007). Une heuristique définit des critères ou méthodes qui permettent de décider entre plusieurs choix possibles, celui qui promet d’être le plus performant. L’utilisation d’heuristiques permettrait ainsi de faire des inférences avec un minimum de temps et de connaissances. Certaines heuristiques concernant l’environnement social des individus pourraient fournir des indices de compétition (disponibilité des ressources, présence de conspécifiques, ressources occupées) permettant aux individus de moduler leur stratégie.  L’environnement social pourrait aussi, par exemple, affecter l’état émotionnel d’un individu et influencer ses décisions (van den Bos et al., 2013). L’utilisation des émotions (l’heuristique : « how do I feel about that? ») comme information dans la prise de décision peut représenter une heuristique efficace quand les choix sont faits avec peu de connaissances (Kralik et al., 2012 ; Trimmer et al., 2013). Dans ce contexte, il s’agira ici d’identifier les heuristiques utilisées par les individus dans leur stratégie de choix et d'évaluer leur efficacité en situation de compétition.

Ce projet de recherche consiste à étudier les mécanismes et la manière dont les individus ajustent leurs règles de décision en réponse à la compétition. Cette problématique est abordée par une approche comparative des organismes relativement distants (phylogénétiquement et écologiquement) mais ayant à faire, comme tout être vivant, des choix au cours de leur vie afin de maximiser leur succès reproducteur. Le cichlidé zébré (Amatitlania siquia), un poisson monogame à soins biparentaux classiquement utilisé en sélection sexuelle sera utilisé dans un contexte de choix de partenaire (Dechaume-Moncharmont et al., 2013). Nous pensons aussi travailler dans un contexte de choix alimentaire sur le corbeau freux, Corvus frugilegus, connu pour ses capacités cognitives élevées. Ces modèles animaux permettront d’inférer des règles de décision d’après les choix observés dans diverses situations. Pour avoir une approche plus proximale, nous pensons aussi travailler sur l’être humain par le biais d’un jeu en réseau. Ceci permettra d’avoir accès aux processus cognitifs lors du choix via l’introspection et la verbalisation des états émotionnels et motivationnels des sujets (Louâpre et al., 2010). Cette approche comparative nous permet d’une part de tester une origine commune à ces mécanismes décisionnels pour des espèces variées mais faisant face à un problème commun (Emery & Clayton, 2004), et d’autre part d’aborder le traitement de l’information à différents niveaux.

 

Références

Castellano, S. (2009). Towards an information-processing theory of mate choice. Animal Behaviour, 78(6), 1493–1497.

Dechaume-Moncharmont F.-X., Brom T., Cézilly F. (2016) Opportunity costs resulting from scramble competition within the choosy sex severely impair mate choosiness. Animal Behaviour, accepted.

Dechaume-Moncharmont, F.-X., Freychet, M., Motreuil, S., & Cézilly, F. (2013). Female mate choice in convict cichlids is transitive and consistent with a self-referent directional preference. Frontiers in Zoology, 10(1), 69.

Emery, N. J., & Clayton, N. S. (2004). The mentality of crows: convergent evolution of intelligence in corvids and apes. Science (New York, N.Y.), 306(5703), 1903–7.

Etienne, L., Rousset, F., Godelle, B., & Courtiol, A. (2014). How choosy should I be? The relative searching time predicts evolution of choosiness under direct sexual selection. Proceedings. Biological Sciences / The Royal Society, 281(1785), 20140190.

Fawcett, T. W., Hamblin, S., & Giraldeau, L.-A. (2012). Exposing the behavioral gambit: the evolution of learning and decision rules. Behavioral Ecology, 24(1), 2–11.

Gigerenzer, G. (2008). Why heuristics work. Perspectives on Psychological Science, 3(1), 20–29.

Kahneman, D. 2012. Système 1 / Système 2: Les deux vitesses de la pensée. Flammarion, coll. « Essais »,? 555 p.

Kralik, J. D., Xu, E. R., Knight, E. J., Khan, S. a., & Levine, W. J. (2012). When Less Is More: Evolutionary Origins of the Affect Heuristic. PLoS ONE, 7(10).

Louâpre, P., van Alphen, J. J. M., & Pierre, J. S. (2010). Humans and insects decide in similar ways. PLoS ONE, 5(12), 1–9.

Réale, D., Reader, S. M., Sol, D., McDougall, P. T., & Dingemanse, N. J. (2007). Integrating animal temperament within ecology and evolution. Biological Reviews, 82(2), 291–318.

Sih, A., & Del Giudice, M. (2012). Linking behavioural syndromes and cognition: a behavioural ecology perspective. Philosophical Transactions of the Royal Society, Series B, 367(1603), 2762–72.

Todd, P. M., & Gigerenzer, G. (2007). Environments that make us smart. Current Directions in Psychological Science, 16(3), 167–171.

Trimmer, P. C., Paul, E., Mendl, M., McNamara, J., & Houston, A. I. (2013). On the Evolution and Optimality of Mood States. Behavioral Sciences, 3(3), 501–521.

Van den Bos, R., Jolles, J. W., & Homberg, J. R. (2013). Social modulation of decision-making: a cross-species review. Frontiers in Human Neuroscience, 7(June), 301.

 

Mots clés

règles de décision - heuristiques - compétition - personnalité - styles cognitifs - compromis vitesse précision - sexual selection

 

Comité de suivi

Ludovic Dickel, Groupe mémoire et plasticité comportementale, université de Caen
Jean-Sébastien Pierre, Ecobio, université de Rennes 1

thèse de Paul Perron

Contrôle de l’architecture des réservoirs par l’hétérogénéité de la lithosphère dans les bassins intracratoniques du Paléozoïque

Dèbut de thèse : novembre 2015

Financement : ENGIE

Directeur de thèse : Michel Guiraud ; co-directrice : Emmanuelle Vennin

Encadrant ENGIE : Eric Portier, Isabelle Moretti

Encadrant UPMC : Laetitia le Pouhriet

 

Résumé

Les bassins intracratoniques Paléozoïque (du Gondwana en particulier) sont caractérisés par une subsidence lente, de grande longueur d'onde (quelques 100 km), la réactivation régulière des paléo reliefs pas facilement liés aux cycles géodynamiques mondiaux. Les discordances régionales fréquentes, et le partitionnement subtil et complexe des faciès rendent la prédiction de l’architecture des réservoirs associés compliqués.

Les systèmes pétroliers associés à ces bassins sont parmi les plus prolifiques. Les principales caractéristiques de ces bassins intracratoniques ne sont pas bien caractérisées et sont encore débattues. Les principales questions sont les suivantes :
Quels sont les mécanismes de contrôle de ces bassins à taux de subsidence lente ?
Comment peut-on caractériser la croûte terrestre, les déformations de la lithosphère et les contraintes associées ? Quelle est la nature des hétérogénéités lithosphériques & rhéologiques apparemment permanentes pendant des centaines de millions d'années ?
Quels sont les contrôles et déclencheurs des soulèvements réguliers dans le temps des paléo reliefs hérités et des discordances / hiatus vastes et contemporaines ?
Quels sont les facteurs de contrôle de l'enregistrement sédimentaire et de la distribution des faciès ?

 

Mots clés

bassin intracratonique, Paléozoïque, héritage, hétérogénéité, lithosphère

thèse de Corentin Iltis

lobesia botranaEffets du réchauffement climatique sur le système immunitaire d’un ravageur des cultures et son impact sur les relations tritrophiques

financement : école doctorale ES

directeur : Jérôme Moreau ; codirecteurs : Philippe Louâpre et Denis Thiéry

Début de la thèse : octobre 2016

Résumé

Ma thèse, réalisée sous la direction de Jérôme Moreau, Philippe Louâpre et Denis Thiéry (INRA de Bordeaux), s’intéressera aux conséquences du réchauffement climatique sur un certain nombre d’effecteurs immunitaires présents chez Lobesia botrana, un lépidoptère ravageur de la vigne. Ces impacts seront observés aussi bien au laboratoire (élevage d’insectes sous différents régimes thermiques, constants et fluctuants, qui miment le réchauffement climatique) que sur le terrain (prélèvements le long d’un gradient thermique dans différents vignobles français). En outre, je m’intéresserai aussi aux conséquences de ces éventuelles modifications immunitaires sur le système tritrophique, c’est-à-dire le système qui lie l’insecte phytophage à un niveau trophique inférieur (la plante) et un niveau trophique supérieur (le cortège d’ennemis naturels, dont les parasitoïdes). Par exemple, il sera étudié l’impact de la température sur les capacités de défense de L. botrana contre des parasitoïdes de différents stades (larves, œufs). D’un point de vue plus appliqué, l’objectif de cette thèse est aussi de pouvoir prédire le comportement des populations du ravageur en réponse au changement climatique, et subséquemment d’adopter des programmes de protection des cultures adéquats, au sein desquels la lutte biologique se révèle être un engrenage essentiel.

thèse de Charly Jehan

Thumbnail imagePatrons de sénescence : interactions entre survie, reproduction et immunité chez un insecte

financement : ANR Mater-Immunity

directeur : Yannick Moret ; codirecteur : Thierry Rigaud

début de la thèse : octobre 2016

 

Résumé

Chez la plupart des animaux, la sénescence se traduit par un déclin avec l’âge de nombreuses fonctions physiologiques telles que la fonction immunitaire et la fonction reproductive.
Ces deux fonctions sont souvent liées par des relations contraintes en raison de leur coût respectif. Il est  alors  attendu que l’intérêt,  en  termes  de  valeur  adaptive,  dans  l’investissement  à  ces  fonctions change  au  cours  de  la  vie  d’un  organisme.  En  particulier,  les  niveaux  d’investissement  à  la  fonction immunitaire que doit réaliser un individu, pour lui-même ou pour sa descendance, en fonction de son âge et de son effort de reproduction, sont encore mal connus. Ce projet propose d’étudier les relations entre  reproduction,  immunité  et  sénescence  chez  le  modèle insecte Tenebrio  molitor (Coleoptera, Tenebrionidae),  pour  lequel  il  est  relativement  aisé  de  manipuler  expérimentalement  et de  quantifier l’investissement à l’effort de reproduction et la fonction immunitaire tout au long de la vie de l’animal. Nous  souhaitons  particulièrement  examiner  l’influence  de  l’âge des  investissements  reproductifs  et immunitaires  (et  de  leurs  interactions)  sur  les patrons  de  sénescence  (immunité,  reproduction  et survie).  Dans  un  second  temps,  nous  souhaitons  étudier  les  conséquences  du  transfert  trans-générationnel  d’immunité  (TTGI) sur  les  patrons  de  sénescence  de  la  descendance  (en  termes d’immunité, de reproduction et de survie).

 

Mots clefs

Tenebrio molitor, évolution, sénescence, TTGI

 

Comité de thèse

Joel Meunier et Gabriele Sorci

thèse d'Adrien Quiles

Thumbnail imageHistoire évolutive des symbioses microsporidies-amphipodes: féminisation et co-phylogénie

financement : ANR CytoSexDet (bases génétiques et conséquences évolutives de la détermination du sexe induite par les symbiotes)

directeurs : Thierry Rigaud et Rémi Wattier

début de la thèse : octobre 2016

 

Résumé

Les micropsoridies constituent un phylum de microorganismes eucaryotes endosymbiotiques obligatoires réalisant leur cycle vital en infestant le cytoplasme de leurs hôtes. Il s’agit d’un phylum ancien et fortement diversifié phylogénétiquement. Des microsporidies ont été détectées chez de très nombreux invertébrés et vertébrés. Deux stratégies de transmission ont été observées incluant soit une transmission horizontale (TH), d’individu à individu au sein de l’espèce d’hôte, soit une transmission verticale (TV), de la mère à ses descendants. Le premier objectif de cette thèse sera d’explorer l’histoire co-évolutive hôte-microsporidie pour deux groupes espèces du genre Gammarus (G. balcanicus et G. roeselii) pour lesquelles l’histoire évolutive a été récemment résolue, montrant une diversité cryptique importante, ancienne (plus de 15 Ma) et spatialement structurée (Mamos et al. 2016 ; Grabowski et al soumis). Le second objectif de cette thèse sera de se focaliser sur une des espèces phylogénétiques de Gammarus roeseli pour laquelle la présence de trois microspories Nosema granulosis, Dictyocoela muelleri et D. roselum a été mise en évidence (Haine et al 2004). La TV, le caractère féminisant et l’impact sur la fitness de l’hôte ont été clairement mis en évidence pour N. granulosis (Haine et al 2007). Le caractère féminisant et la TV pour les deux autres microsporidies sont soupçonnés et seront explorés.

 

Mots clefs

symbiose, microsporidies, amphipodes, phylogénie, hôtes, parasites

thèse de Cédric Bougeault

Thumbnail imageFonctionnement sédimentologique et diagénétique d'un couplage carbonates-silicates-matière organique sous influence volcanique et mantellique en contexte continental. Le cas de la lagune de Pastos Grandes (Bolivie).

financement : TOTAL

directrice de thèse : Emmanuelle Vennin ; co-encadrant : Christophe Durlet

début de thèse : février 2017

 

Résumé

En milieu continental, des bassins sédimentaires sous influence hydrothermale et lacustre présentant des carbonates, silicates et des dépôts organiques peuvent se développer en domaine volcanique sous influence mantellique. Ces complexes sédimentaires, très différents des systèmes marins, sont peu documentés dans l’actuel où les dépôts carbonatés anciens sont absents du bassin versant. Alimentés chimiquement par altération météorique et hydrothermale de leur substrat volcanique, de tels complexes sédimentaires sont des sites régis par d’intenses processus de biominéralisation qui interagissent avec la précipitation chimique des carbonates (par exemple due à un important dégazage de CO2). Associée aux précipitations de carbonates et de silicates, une intense activité microbienne pourrait aboutir sur la formation de niveaux riches en matière organique pouvant être considérés comme une roche-mère pour la génération future de pétrole ou gaz.

La lagune de Pastos Grandes, dans le sud de l’altiplano bolivien, est située au-dessus d’une zone de subduction dans une localité dépourvue de dépôts carbonatés. Elle présente une plateforme calcaréo-siliceuse récente de 40 km² avec un panel de dépôts variés. Les processus amenant à cette sédimentation seront étudiés par la combinaison d’analyse pétrographique, géochimique et hydrochimique.

 

Mots clés

hydrothermalisme, dépôts lacustres, contexte volcanique, précipitation chimique, biominéralisation