Axelle Zacaï

Doctorante / PhD Student
Equipe BioME (Biodiversité, Macroécologie, Évolution)
Laboratoire Biogéosciences
UMR 6282 uB/CNRS
6 Boulevard Gabriel
21000 Dijon
France
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Téléphone: (+33)3.80.39.63.06                  

                                          


 
Sujet de thèse

 

Analyse macroécologique des liens unissant phylogénie, distribution spatiale et morphologie chez les céphalopodes fossiles

Débutée le 01/10/13


Résumé
La macroévolution (étude de l’évolution au niveau – ou au-dessus du niveau – de l’espèce) et la macroécologie (étude de la distribution géographique et l’abondance des êtres vivants) sont longtemps restés des domaines relativement indépendants. Cependant, leur union est inévitable et même indispensable à la compréhension de la biodiversité actuelle et passée. Cette émulation fertile et transdisciplinaire forme le canevas de ce projet de thèse qui pose la question suivante : comment et dans quelle mesure la phylogénie influence-t-elle les propriétés macroécologiques des taxons ?

L’objectif est de mesurer la part de l’histoire évolutive dans ces propriétés en quantifiant les multiples relations unissant phylogénie, distribution spatiale, présence partagée, rareté, disparité morphologique et extinction. Les modèles d’études seront les ammonoïdes (céphalopodes fossiles) du Trias Inférieur et du Jurassique Inférieur. Ces deux ateliers illustrent des contextes environnementaux et biotiques contrastés et reposent sur des jeux de données complets déjà établis (distribution spatiale et temporelle, phylogénie, morphologie).

L’originalité est double : d’une part, parce qu’il s’agit d’une approche macroécologique « en temps profond » employant des formes fossiles, et d’autre part, parce que le traitement quantitatif de cette thématique se fera pour des intervalles caractérisés par des événements majeurs d’extinction et de diversification en contexte post-crise. En étudiant la relation complexe entre les distances phylogénétiques, géographiques et morphologiques au cours des temps géologiques, ce projet se positionne au carrefour de la macroévolution et de la macroécologie afin de comprendre la structuration de la biodiversité.

 

Abstract
Macroevolution and macroecology have remained relatively independent fields for a long time. However, their union is unavoidable and even crucial to the understanding of modern and past biodiversity. This fertile across-field emulation forms the background of this PhD project that addresses the following question: how -and to what extent- does phylogeny influence the macroecological properties of taxa?

The aim is to measure the part of the evolutionary history in these properties by quantifying the multiple relationships uniting phylogeny, spatial distribution, co-occurrence patterns, rarity, morphological disparity and extinction. We will use Early Triassic and Early Jurassic ammonoids (fossil cephalopods) as study cases. These two models illustrate contrasted biotic and environmental contexts and they rely on existing and comprehensive datasets (spatial and temporal distribution, phylogeny, morphology).

The originality of the project is twofold: (i) it is a deep-time macroecological approach using fossils and (ii) it analyses quantitatively time intervals that are characterized by major extinctions and by post-crisis diversification events. By investigating the intricate and multidimensional relationships among phylogenetic, geographic and morphological distances through geological time, this project stands at the crossroad between macroevolution and macroecology in order to better understand the structure of biodiversity.

 



Parcours universitaire

 

•  2012-2013: Master 2 Recherche Paléontologie, Sédimentologie, Paléoenvironnements (UCBL / ENS de Lyon)

Sujet de stage: "Régime alimentaire des arthropodes cambriens: exemple de Sidneyia inexpectans (Burgess Shale, Canada)" (LGLTPE)
Directeurs: Jean Vannier, Rudy Lerosey-Aubril



•  2011-2012: Master 1 Recherche Paléontologie, Sédimentologie, Paléoenvironnements (UCBL / ENS de Lyon)

Sujet de stage: "Caractérisation des laminites associées aux optimums climatiques holocènes dans les sédiments de la Mer d'Aral et du lac Sonkul (Asie Centrale)" (LGLTPE)
Directeur: Philippe Sorel


•  2008-2011: Licence de Géolologie Fondamentale (Université Claude Bernard Lyon 1)

Ivan Calandra

ATER Géologie

Université de Franche-Comté
Laboratoire Chrono-Environnement
Bureau ATER -107L
16, Route de Gray
25030 Besançon Cedex

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Nouvelle page perso

Étienne Brulebois

Doctorant

Equipe SEDS (Systèmes, Environnements et Dynamiques Sédimentaires)

Laboratoire Biogéosciences

UMR 6282 uB/CNRS

6 Boulevard Gabriel 21000 Dijon France

Bureau 321 aile Sud

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Téléphone: (+33)3.80.39.63.64

 

 


 

 

Sujet de thèse (débutée le 04/11/13)

Impact du changement climatique sur la disponibilité de la ressource en eau en Bourgogne : aspects qualitatif et quantitatif

 

Les observations et les projections climatiques montrent, à l'échelle du globe, que les ressources en eau vont être significativement affectées par le changement climatique avec des répercussions sur les sociétés humaines et sur les écosystèmes (Bates et al., 2008).

Pour apporter des éléments de décision, de nombreux travaux scientifiques ont été réalisés partout dans le monde. Ainsi, sur l'ensemble du territoire métropolitain, une diminution générale de 20 à 40% des débits moyens annuels est attendue pour un scénario climatique modéré (A1B) dès les années 2050, essentiellement en raison de la forte diminution des débits d'étiage. Ces études restent cependant encore impuissantes à fournir un outil d'aide à la décision permettant aux gestionnaires et aux acteurs de l'eau de prévoir et d'anticiper les tensions sur la ressource, notamment en raison de la résolution grossière de l'échelle spatiale. Une autre lacune de ces études est qu'elles ne prennent pas en compte les impacts du changement climatique sur la qualité des ressources et des milieux aquatiques (augmentation de la température de l'eau, modification des transferts de nutriments à l'échelle du bassin versant...).

 

L'objectif scientifique du projet de thèse est d'évaluer l'impact du changement climatique au 21ème siècle sur l'évolution de la ressource en eau en quantité et en qualité à l'échelle d'une dizaine de bassins versants en Bourgogne.

 

L'approche envisagée consistera à coupler des modèles hydrologiques et des modèles de qualité des eaux avec les sorties du modèle climatique régional WRF simulant les pluies et la température de l'air sur le 21ème siècle à l'échelle de la Bourgogne. L'unité de travail est celle du bassin versant et les modèles qui seraient utilisés sont de type pluie-débit pour la partie hydrologie (GR4J, Gardénia) et de type agronomique (SWAT par exemple) pour la partie transfert de nutriment dans les bassins versants.

 

Parcours universitaire

Sujet de Recherche :

"Impact du changement climatique sur la ressource en eau en Bourgogne

Tentative de couplage hydroclimatique entre une modélisation climatique distribuée (WRF) et une modélisation hydrologique globale (GR4J)"

Projet HYCCARE-Bourgogne

 

Autres travaux :

"Vers une valorisation des bocages de Bourgogne :Cartographie, état des lieux et perspectives sur le territoire de la bresse bourguignonne"

Atelier professionnel (commanditaire : Alterre Bourgogne et Ecomusée de la bresse bourguignonne)

 


 

Sujet de stage :

"Projet de réaménagement d'une surface communal : Diagnostic initial de pollution de sol"

 


 

Pierre-Yves Collin

Sédimentologie et réservoirs carbonatés

Cursus - Déroulement de carrière

  • Baccalauréat série D (1990) – Clamecy (Nièvre)
  • Thèse de Doctorat de l'Université de Bourgogne (01/10/1997 - 22/12/2000 ; allocation de recherche MNERT et monitorat CIES)
  • Attaché Temporaire d'Enseignement et de Recherche à l'Université de Bourgogne (01/10/2000 - 31/09/2002)
  • Maître de Conférences stagiaire à l’Université P. & M. Curie - Paris 6 (01/09/2002 - 31/08/2003)
  • Maître de Conférences titulaire à l’Université P. & M. Curie - Paris 6 (01/09/2003 – 31/08/2011)
  • Titulaire de la Prime d’Investissement Recherche de l’UPMC (01/10/2009 – 31/08/2011)
  • HDR de l’Université P. & M. Curie – Paris 6 (7/09/2011)
  • Maître de Conférences titulaire à l’Université de Bourgogne (01/09/2011 - …)

Thème de recherche par mots-clés

Sédimentologie, carbonates, diagenèse, pétrophysique, microbialites, stratigraphie, cyclostratigraphie.

Thèmes de recherche en cours

  • Etude des réservoirs carbonatés du Jurassique moyen du bassin de Paris dans le but d’établir un modèle sédimento-diagénétique pour le stockage géologique du CO2 et l’exploitation géothermique.
  • Etude des faciès carbonatés microbiens post-extinction en masse permo-triasique. Apparition, développement et disparition.

Responsabilités pédagogiques

  • Responsable de la L3 Pro Agriculture, Nouvelles Technologies, Durabilité (sept. 2011 - …)

Co-directions de thèse

  • Co-directeur (70%) de la thèse de Yasin Makhloufi (1er oct 2010 - …), intitulée Contrôle de la distribution des propriétés pétrophysiques dans les réservoirs carbonatés du Jurassique moyen du bassin de Paris. Contrat Doctoral, UPMC, Ecole Doctorale Géologie et Ressources Naturelles

  • Co-directeur (30%) de la thèse de Lisa CASTELEYN (1er oct. 2007 – 28 fév. 2011), intitulée Transfert de fluides dans les milieux poreux, le cas des carbonates et des interfaces argiles/calcaires. Etudes intégrées de pétrophysique, de sédimentologie et des microstructures. Contrat doctoral, Université de Cergy-Pontoise, Ecole Doctorale de Sciences et Ingénierie.

  • Co-directeur (50%) de la thèse de Slah BOULILA (1er déc. 2004 - 26 mars 2008), intitulée Cyclostratigraphie des séries sédimentaires du Jurassique supérieur (Sud-Est de la France, Nord de la Tunisie) : contrôle astro-climatique, implications géochronologiques et séquentielles. Bourse du Ministère Français des Affaires Etrangères, UPMC, Ecole Doctorale Géologie et Ressources Naturelles.

  • Co-directeur (50%) de la thèse d’Emilia HURET (1er oct. 2003 – 1er déc. 2006), intitulée Analyse cyclostratigraphique des variations de la susceptibilité magnétique des argilites callovo-oxfordiennes de l'Est du bassin de Paris : application à la recherche de hiatus sédimentaires. Bourse de doctorat ANDRA, UPMC, Ecole Doctorale Géologie et Ressources Naturelles

Encadrement post-doctoral

  • Emmanuel Caspard (01 octobre 2005 – 30 janvier 2006), post-doctorant UPMC dans le cadre de la convention de recherche UPMC – Gaz de France (01 septembre 2005 – 30 juin 2007)

Directions et suivis de programmes scientifiques

  • Responsable scientifique et technique du projet de recherche Hétérogénéités pétrophysiques, diagénétiques et sédimentologiques de la Formation de l’Oolithe Blanche, aquifère salin profond du bassin de Paris (Jurassique moyen, Bathonien), financement INSU 2011, Comité Thématique 5 Ressources Géologiques et Développement Durable, appel d’offre CESSUR – Connaissance et Technologie du Sous-Sol pour son Exploitation et Usage Durable.
  • Responsable scientifique et technique de la convention de recherche UPMC – Gaz de France (juillet 2009 – décembre 2009) portant sur la Caractérisation des rock-types de la Formation de l'Oolithe Blanche (Dogger), aquifère du bassin de Paris, réservoir potentiel pour le stockage géologique du CO2 – Volet 2.
  • Responsable scientifique et technique de la convention de recherche UPMC – Gaz de France (février 2008 – février 2009) portant sur la Caractérisation des rock-types de la Formation de l'Oolithe Blanche (Dogger), aquifère du bassin de Paris, réservoir potentiel pour le stockage géologique du CO2.
  • Responsable scientifique et technique de la convention de recherche UPMC – Gaz de France (01 septembre 2005 – 30 juin 2007) portant sur l'Etude sédimentologique, diagénétique et de la fracturation du réservoir de Saint-Martin de Bossenay et de ses équivalents à l'affleurement.
  • Chargé de mission dans le cadre du programme Middle East Basin Evolution (MEBE, 2003-2007) pour le suivi des projets concernant les thématiques sédimentologique et stratigraphique.

Participations à des programmes nationaux et internationaux

  • PICOREF – ANR Géocarbone. Pilote d'Injection du CO2 dans les Réservoirs en France (E. Brosse coord., 2005-2007)
  • Programme de Recherche Avancé (PRA ST03-01) – Intéractions biosphère-géosphère au cours du Permien supérieur et des événements à la transition Permien-Trias sur la bordure sud de la Paléo-Téthys (S. Crasquin & Q. Feng coord., 2003-2005)
  • Programme Eclipse 2 – Paleobiodiversity evolution during Middle Permian – Early Triassic times on Eastern edge of Paleo-Tethys: extinctions and recoveries in marine biotopes (S. Crasquin coord., 2003-2005)
  • PICS-CNRS 3361 – Evolution de la paléo-biodiversité du Permien moyen au Trias moyen en domaine Cathaysien : extinctions et reconquêtes post-crise (S. Crasquin coord., 2005-2008)
  • ANR ASTS-CM – Astronomical Time Scale for the Cenozoic and Mesozoic Era (J. Laskar coord., 2008-2011).
  • Middle East Basin Evolution (MEBE ; E. Barrier Coord.) - Stratigraphy and sedimentary evolution of the Levantine region during the Jurassic (Lebanon). Palaeoenvironmental and geodynamical implications (2003 – 2004).

Responsabilités administratives

  • Membre élu de la CSE 35-36 de l’UPMC (2004-2008).
  • Membre élu du Conseil de l'UFR 928 de l'UPMC (2004-2007)
  • Trésorier du Groupe Français d'Etude du Jurassique (2006- ...)
  • Membre élu du Conseil de l'Institut des Sciences de la Terre de Paris (2009- ... )
  • Membre du Comité de Sélection (36ème section) de l'UPMC (2009- ... )
  • Secrétaire-adjoint élu de la Société Géologique de France (2010) et Editeur Associé du Bulletin de la Société Géologique de France
  • Secrétaire élu de la Société Géologique de France (2011-…) et Editeur Associé du Bulletin de la Société Géologique de France

Organisation de congrès

Co-organisateur de STRATI 2010 (30 août – 2 septembre 2010, UPMC, Paris) – 250 participants

Publications

Publications référencées JCR sauf [10]

En souligné : doctorants, masters, post-docs, stagiaires (co-)encadrés

* publications effectuées dans le cadre d’un (co-)encadrement

[30] Bergerat F., *Collin P.Y., Ganzhorn A.C., Baudin F., Galbrun B., Rouget I., Schnyder J. (2011). Instability structures, synsedimentary faults and turbidites, witnesses of a Liassic seismotectonic activity in the Dauphiné Zone (French Alps); A case example in the Lower Pliensbachian at Saint-Michel en Beaumont. Journal of Geodynamics, 51, 344-357.

[29] Boulila S., Gardin S., de Rafelis M., Hinnov L.A, Galbrun B., *Collin P.Y. (2011). Reply to the comment on « Orbitally forced climate and sea-level changes in tthe paleoceanic Tethyan domain (marl-limestone alternations, Lower Kimmeridgian, SE France). Palaeogeography, Palaeoceanography, Palaeoclimatology, 306, 252-257.

[28] Casteleyn L., Robion P., David C., *Collin P.Y., Ménendez B., Fernandes N., Desaubliaux G., Rigollet C. (2011). An integrated study of the physical properties of carbonate rocks from the Oolithe Blanche Formation in the Paris Basin. Tectonophysics, 503, 1-2, 18-33.

[27] Huret H., Thiesson J., Tabbagh A., Galbrun B., *Collin P.Y. (2011). Improvement of cyclostratigraphic studies by processing of high resolution magnetic susceptibility logging: Example of PEP1002 borehole (Bure, Meuse, France). Compte Renduis Géoscience, 343, 379-386.

[24] Kershaw S., Crasquin S., Forel M.B., Randon C., Collin P.Y., Kosun E., Richoz S., Baud A. (2011). Earliest Triassic microbialites in Cürük Dag, southern Turkey : composition, sequences and controls on formation. Sedimentology, 58, 739-755.

[23] Boulila S. De Rafelis M., Hinnov. L., Gardin S., Galbrun B., *Collin P.Y. (2010a). Orbitally forced climate and sea-level changes in the paleoceanic Tethyan domain (Marl-limestone alternations, early Kimmeridgian, SE, France. Palaeogeography, Palaeoceanography, Palaeoclimatology, 292, 57-70.

[22] Boulila S., Galbrun B., Hinnov L., *Collin P.Y., Ogg J., Fortwengler D., Marchand D. (2010b). Milankovitch and sub-Milankovitch forcing of the Oxfordian (Late Jurassic) Terres Noires Formation (SE France) and global implications. Basin Research, 22, 717-732.

[21] Brosse E., Badinier G., Blanchard F., Caspard E., *Collin P.Y. & 25-co-auteurs (2010). Selection and characterization of geological sites able to host a pilot-scale CO2 storage in the Paris Basin (PICOREF). Oil and Gas Science and Technology, 65, 375-403.

[20] Casteleyn L., Robion P., *Collin P.Y., Menendez B., David C., Desaubliaux G., Fernandes N., Dreux R., Badiner G., Brosse E., Rigollet C. (2010). Interrelations of the petrophysical, sedimentological and microstructural properties of the Oolithe Blanche Formation (Bathonian, saline aquifer of the Paris Basin). Sedimentary Geology, 230, 123-138.

[19] Collin P.Y., Mancinelli A., Chiocchini M., Mroueh M., Hamdam W., Higazi F. (2010). Stratigraphy and sedimentary evolution of the Levantine margin (Lebanon) during Middle to Late Jurassic. Palaeoenvironmental and geodynamical implications. From: Homberg, C. & Bachmann, M. (eds) Evolution of the Levant Margin and Western Arabia Platform since the Mesozoic. Geological Society, London, Special Publications, 341, 227-244.

[18] Crasquin S., Forel M.B., Feng Q.L., Yuan A.H., Baudin F., Collin P.Y. (2010). Ostracods (Crustacea) through the Permian-Triassic boundary in South China: the Meishan stratotype (Zhejinag Province). Journal of systematic palaeontology, 8, 331-370.

[17] Collin P.Y., Kershaw S., Crasquin-Soleau S., Feng Q. (2009). Facies changes across the Permian-Triassic boundary event horizon, Great Bank of Guizhou, South China: a controversy of erosion and dissolution. Sedimentology, 56, 677-693.

[16] Forel M.B., Crasquin S., Kershaw S., Feng Q., Collin P.Y. (2009). Ostracods (Crustacea) and water oxygenation in earliest Triassic of South China: implications for oceanic events of the end-Permian mass extinction. Australian Journal of Earth Sciences, 56, 815-823.

[15] Kershaw S., Crasquin S., Collin P.Y., Li Y., Feng Q., Forel M.B. (2009). Microbialites as disaster forms in anachronistic facies following the end-Permian mass extinction: a discussion. Australian Journal of Earth Sciences 56, 809-813.

[14] Wignall P., Kershaw S., Collin P.Y., Crasquin-Soleau S. (2009). Comment on: Payne, J.L., Lehrmann, D.J., Follet, D., Seibel, M., Kump, L.R., Riccardi, A., Altiner, D., Sano, H., and Wei, J-Y. 2007. Erosional truncation of uppermost Permian shallow-marine carbonates and implications for Permian-Triassic boundary events. Geological Society of America Bulletin, 121, 954-956.

[13] Boulila S., Galbrun B., Hinnov L., *Collin P.Y. (2008a). High-resolution cyclostratigraphic analysis from magnetic susuceptibility in a Lower Kimmeridgian (Upper Jurassic) marl-limestone succession (La Méouge, Vocontian Basin, France). Sedimentary Geology, 203, 54-63.

[12] Boulila S., Hinnov L., Galbrun B., *Collin P.Y. (2008b). Orbital calibration of the Lower Kimmeridgian (Southeastern France): implications for geochronology and global sequence stratigraphy. Terra Nova, 20, 455-462.

[11] Boulila S., Hinnov L., Huret E., *Collin P.Y., Galbrun B., Fortwengler D. (2008c). Astronomical calibration of the Lower Oxfordian (Terres Noires Formation, Vocontian Basin, France): consequences of revising Late Jurassic time scale. Earth and Planetary Science Letters, 276, 40-51.

[10] Ferry S., Pellenard P., Collin P.Y., Thierry J., Marchand D., Deconinck J.F., Robin C., Carpentier C., Durlet C., Curial A. (2007). Synthèse des données stratigraphiques récentes sur les formations bathoniennes à oxfordiennes de l’est du bassin de Paris. Mem. Soc. Géol. France, 178, 37-58.

[9] Kershaw S., Li Y., Crasquin-Soleau S., Feng Q., Mu X., Collin P.Y., Reynolds A., Guo L. (2007). Earliest Triassic microbialites in the South China Block and other areas ; controls on their growth and distribution. Facies, 53, 409-425.

[8] Courville P., Crônier C., *Collin P.Y., Blosse C., Lorin S. (2007). Intérêts environnemental et chronologique des bioaccumulations à brachiopodes. Exemple de l’Oxfordien supérieur (Jurassique supérieur) du Bassin parisien (France). C. R. Palevol, 6, 87-101.

[7] Louis-Schmid B., Rais P., Bernasconi S.M., Pellenard P., Collin P.Y., Weissert H. (2007). Detailed record of the mid-Oxfordian (Late Jurassic) positive carbon-isotope excursion in two hemipelagic sections (France and Switzerland) : A plate tectonic trigger ? Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaoecology, 248, 459-472.

[6] Collin P.Y., Courville P. (2006). Sedimentation and palaeogeography of the eastern part of the Paris Basin (France) at the Middle-Late Jurassic boundary. C.R. Géosciences, 338, 824-833.

[5] Collin P.Y., Loreau J.P., Courville P. (2005). Depositional environments and processes of formation of iron ooid in the condensed sections (Callovian-Oxfordian, South-Eastern Paris Basin, France). Sedimentology, 52, 969-985.

[4] Lorin S., Courville P., *Collin P.Y., Thierry J., Tort A. (2004). Modalités de réinstallation d’une plate-forme carbonatée après une crise sédimentaire : Exemple de la limite Oxfordien moyen – Oxfordien supérieur dans le Sud-Est du bassin de Paris. Bull. Soc. Géol. France, 175, 3, 289-302.

[3] Courville P. & Collin P.Y. (2002). Taphonomic Sequences : a new tool for sequence stratigraphy. Geology, 30, 511-514.

[2] Collin P.Y., Courville P., Loreau JP., Marchand D., Thierry J. (1999). Séries condensées et indice de préservation d’unité biostratigraphique : Exemple de l’ennoiement de la plate-forme nord-bourguignonne au Callovo-Oxfordien. C. R. Acad. Sci. Paris, 328, 105-111.

[1] Courville P., Bonnot A., Collin P.Y., Contini D., Marchand D. (1998). Coupures morphologiques et biochronologie chez les Kosmoceratinae de l'Est de la France (Callovien inférieur pp. à Callovien supérieur pp.). C. R. Acad. Sci. Paris, 327, 685-691.

Julien Guigue

 

Doctorant / ATER

Equipe SEDS (Systèmes, Environnements et Dynamiques Sédimentaires)

Laboratoire Biogéosciences

UMR 6282 uB/CNRS

6 Boulevard Gabriel 21000 Dijon France

Bureau 321 aile Sud

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Téléphone: (+33)3.80.39.63.64

Mobile: (+33)6.88.58.11.19

 
 

 


 

 

Sujet de thèse (début Octobre 2010)

 

Identification des marqueurs géochimiques pour l’étude de la dynamique de la matière organique des sols sous différents mode d’occupation (forêts, prairies, cultures) : importance relative des facteurs biotiques et abiotiques

 

Au sein de la biosphère continentale, la principale réserve de carbone organique est constituée par les Matières Organiques du Sol (MOS) dont la régulation (stockage vs. déstockage) par l’activité des microorganismes détermine clairement la balance carbonée des écosystèmes. L’objectif principal du projet est d’évaluer le rôle de la diversité des MOS au cours de la dégradation microbienne. Pour étudier la dégradation des matières organiques, la démarche retenue intègre (i) l’importance de la diversité pédologique des sols sous divers substratum géologiques et sous des modes d’occupation différents (forêt, prairie, culture) ; (ii) une approche de la diversité microbienne (collaboration avec l’UMR MSE). Le plan expérimental s’appuiera sur des mesures au laboratoire, mettant en oeuvre des gradients (substratum géologique, type de sol, activité microbienne) sur des sols issus du RMQS (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols). Des résidus végétaux de matières organiques fraîches (MOF), marqués au 13C, seront incorporés dans des microcosmes de sol de manière à suivre leur dégradation (flux de 13CO2, carbone organique dissous extractible), et la production de matières organiques humifiées (MOH) provenant du résidu ou du stock organique endogène: quantification du Priming Effect. Ainsi, le couplage d’analyses moléculaires (Fluorescence 3D; FT-ICR-MS) et d’analyses isotopiques de gaz fournira une description nouvelle du lien entre les flux de C et l’activité microbienne des sols.

 

Directeur de thèse: Jean Lévêque

Co-encadrant: Olivier Mathieu

 


 

Parcours universitaire

 

Sujet de recherche:

"Dynamique de transfert et de sédimentation d'élément-traces métalliques dans un dispositif de traitements des lixiviats d'ordures ménagères par lagunage naturel"

Projet PRES Bourgogne - Franche Comté

 

Sujet de recherche:

"Potentiel de mobilité d'élément-traces métalliques sur un site de stockage d'ordures ménagères"

Projet BQR Bourgogne - Franche Comté

 

Francis Amédro

né le 21 juin 1953 à Calais

professeur de SVT dans l'enseignement secondaire

chercheur associé au laboratoire Biogéosciences

président de la Société géologique du Nord depuis 2008

spécialités

  • ammonites de la partie moyenne du Crétacé (Albien à Turonien)
  • stratigraphie détaillée des formations albiennes et des craies cénomano-turoniennes du bassin de Paris (lithostratigraphie, stratigraphie séquentielle, biostratigraphie par les ammonites)

aires de recherche

  • Bassin anglo-parisien incluant les stratotypes historiques des étages Albien et Turonien

  • bassin de Mons (B)
  • vallée du Rhône (Gard et Vaucluse)
  • Tunisie centrale
  • Californie

Publications depuis 2005

DECONINCK J.-F., AMÉDRO F., BAUDIN F., GODET A., PELLENARD P., ROBASZYNSKI F. & ZIMMERLIN I. (2005).- Late Cretaceous palaeoenvironnements expressed by the clay mineralogy of Cenomanian-Campanian chalks from the east of the Paris basin. Cretaceous Research, 26, 171-179, 5figs.

AMÉDRO F. (2005).- Remarks on ammonite zonation for the Upper and Mid-Cretaceous (in part) of Central Tunisia. Géol. Alpine, sér. spéc. “colloques et excursions”, 5, 64-65, 1fig.

AMÉDRO F., ACCARIE H. & ROBASZYNSKI F. (2005).- Position de la limite Cénomanien-Turonien dans la Formation Bahloul de Tunisie centrale : apports intégrés des ammonites et des isotopes du carbone. Eclogae geol. Helv., 98, 151-167, 8 figs.

AMÉDRO F. & ROBASZYNSKI F. (2005).- Corrélation des successions de l’Albien par les ammonites entre la Province Nord-Pacifique et les Provinces européenne et arctique du Domaine boréal : zonation, eustatisme et paléobiogéographie. Geobios, 38, 585-607, 12 figs.

CARON M., DALL’ AGNOLO S., ACCARIE H., BARRERA E., KAUFFMAN E., AMÉDRO F. & ROBASZYNSKI F. (2006).- High-resolution stratigraphy of the Cenomanian-Turonian boundary at Pueblo (USA) and wadi Bahloul (Tunisia) : stable isotope and bio-events correlation. Geobios, 39, 171-200, 14 figs.

AMÉDRO F., ROBASZYNSKI F. & MATRION B. (2006).– Les craies santoniennes de la région de Saint-Omer ( Nord de la France ). Comparaison avec le Boulonnais et le Kent (U.K.). Ann. Soc. Géol. Nord, 2e série, 13, 107-121, 7 figs, pl.10.

AMÉDRO F. & ROBASZYNSKI F. (2006).- Les craies à niveaux durcis du Turonien supérieur - Coniacien inférieur du Nord de la France (Boulonnais, Artois, environs de Lille) : un essai de corrélation à l’aide de la stratigraphie événementielle. Ann. Soc. Géol. Nord, 2e série, 13, 123-135.

AMÉDRO F., MATRION B. & ROBASZYNSKI F. (2006).- Romaniceras (Yubariceras) ornatissimum (Stoliczka, 1864) : une ammonite rare dans les craies du Turonien moyen de l’Aube (France). Bull. Inf. Géol. Bass. Paris, 43, 4, 17-25, 3 figs, pl. 1.

AMÉDRO F. & MATRION B. (2007).- Une coupe lithologique synthétique dans l’Albien-type de l’Aube, France. Bull. Inf. Géol. Bass. Paris, 44, 3, 7-23, 7 figs.

KENNEDY W.J., JAGT J.W.M., AMÉDRO F. & ROBASZYNSKI F. (2008).- The late late Albian (Mortoniceras fallax Zone) cephalopod fauna from the Bracquegnies Formation at Strépy-Thieu (Hainaut, Southern Belgium). Geologica Belgica, 11, 35-69, 2 figs, 10 pls.

AMÉDRO F. (2008).- Support for a Vraconnian Stage between the Albian sensu stricto and the Cenomanian (Cretaceous System). Carnets de Géologie / Notebooks on Geology, Mem. 2008/02, 74 p., 29 figs, 9 pls.

AMÉDRO F. & ROBASZYNSKI F. (2008).- Zones d’ammonites et de foraminifères du Vraconnien au Turonien. Une comparaison entre les domaines boréal et téthysien (NW Europe / Tunisie centrale). Carnets de Géologie / Notebooks on Geology, Note brève 2008/02-fr., 6-10, 1 fig.

ROBASZYNSKI F., AMÉDRO F., GONZALES-DONOSO J.-M. & LINARES D. (2008).- The Albian (Vraconnian) – Cenomanian boundary at the western Tethyan margins (central Tunisia and southeastern France). Bull. Soc. Géol. France, 179, 3, p. 245-256, 8 figs, 6 pls.

MANSY J.-L., LAMARCHE J., AUFFRET J.-P., GUENNOC P., VIDIER J.-P., AMÉDRO F., ROBASZYNSKI F., LEFEVRE D., SOMME J., MAHIEUX G., AUGRIS C. & CROSBY A. (2008) – Carte géol. France (1/50.000e), feuille Marquise (seconde edition) (5). B.R.G.M., Orléans.

MANSY J.-L., GUENNOC P., ROBASZYNSKI F., AMÉDRO F., AUFFRET J.-P., VIDIER J.-P., LAMARCHE J., LEFEVRE D., SOMME J., BRICE D., MISTIAEN B., PRUD’HOMME A., ROHART J.-C. & VACHARD D. (2008)- Notice explicative, Carte géol. France (1/50.000e), feuille Marquise (seconde édition) (5). B.R.G.M. , 213 p.

AMÉDRO F. & MATRION B. (2008).- Corrélations dans l’Albien de l’Yonne et de l’Aube, France (lithologie et ammonites). Bull. Inf. Géol. Bass. Paris, 45, 2, 12-24, 6 figs.

ROBASZYNSKI F. & AMÉDRO F. (2009). – Les craies du cap Blanc-Nez : une coupe de référence naturelle et continue dans le Crétacé du nord-ouest de l’Europe. In ROBASZYNSKI F. & GUYÉTANT G. coord. Des roches aux paysages dans le Nord – Pas-de-Calais. Edition Société Géologique du Nord et Conservatoire des Sites Naturels du Nord et du Pas-de-Calais, 48-53.

AMÉDRO F. (2009). – Stratigraphie séquentielle des successions albiennes du bassin anglo-parisien et du bassin de Mons (B). Bull. Inf. Géol. Bass.Paris, 46, 2, 12-36.

liaison recherche "académique" - industrie

- consultant de 1989 à 1993 pour la construction du Tunnel sous la Manche

- consultant de 1995 à 1997 (avec F. Robaszynski) pour l'ANDRA sur le site de stockage de déchets souterrain du Gard

- consultant ponctuel pour des compagnies pétrolières pour des déterminations d'ammonites.

prix

- 2001 de la classe des Sciences (géologie) décerné par l'Académie royale de Belgique à Bruxelles

- 2002 Médaille Jules Gosselet décernée par la société académique de Lille

recherches en cours

- Turonien de la vallée du Rhône

- Aptien-Albien de Tunisie centrale

- Albien de la Meuse et de la Haute-Marne

- Limite Albien-Cénomanien dans le centre du bassin de Paris

dernière mise à jour 17 juin 2009

Émilie Arnoux

Ingénieur de recherche contractuel

Bureau 307 - Aile nord au fond du couloir, Bâtiment Gabriel

Equipe Biome (ex FED)

UMR CNRS 6282 - Biogéosciences

6 boulevard Gabriel

21000 DIJON

03 80 39 91 57

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Thèmes de recherche de doctorat 2009-2012

Variabilités phénotypique et génétique chez la Grive à Pieds Jaunes, Turdus lherminieri à différentes échelles.

 

Etude de la population de Grive à Pieds Jaunes (Turdus lherminieri), espèce endémique de 4 îles de Petites Antilles (Guadeloupe, Dominique, Sainte-Lucie et Montserrat).

 

grive_a_pieds_jaunes

 

La biodiversité d’Outre-mer contribue plus que celle de la métropole au patrimoine naturel français, d’autant qu’elle se conjugue souvent à un niveau important d’endémisme. De manière intrinsèque, les espèces endémiques se caractérisent par de petites populations et des aires de répartition géographique restreintes, causes d’une fragilité structurelle qui les exposent d’avantage aux risques d’extinction d’origine naturelle ou anthropique (Gaston 1998, Beissinger 2000, Pimm et al. 2006). Les oiseaux de Guadeloupe illustrent parfaitement cette configuration. En effet, 15 espèces sont endémiques de cette île ou des Petites Antilles, et le statut que leur confère l’UICN (Union International pour la Conservation de la Nature) varie de "préoccupant" au mieux, à "vulnérable" pour le cas problématique de la Grive à pieds jaunes Cichlerminia iherminieri. Cependant les connaissances restent très fragmentaires quant à la répartition des effectifs sur l’île. La Guadeloupe hébergerait les principales populations de 5 d’entre-elles, et pour la Grive à pieds jaunes, elle serait l’une des deux îles (parmi 4 au total) à abriter des effectifs notables. Ceci souligne la responsabilité de ce territoire en matière de conservation, mais la méconnaissance des profils d’abondance et de distribution empêche de juger la pertinence du dispositif actuel d’aires protégées pour sécuriser des populations viables des oiseaux endémiques des Petites Antilles. De plus, la diversité des menaces encourues reste très mal connue.

Dans ce contexte, le projet de thèse recoupe deux objectifs.

1. Estimer les effectifs et les distributions des oiseaux endémiques des Petites Antilles sur le territoire guadeloupéen. Cette approche communautaire permettra notamment d’identifier les habitats à forte potentialité d’accueil et la pertinence des secteurs protégés en regard des distributions et abondances locales.

2. Explorer le fonctionnement et la structuration des populations de Grive à pieds jaunes à différentes échelles spatiales ainsi que certaines interactions écologiques (parasitisme et compétition) pouvant participer à la précarisation de son statut.

Ces objectifs répondent à une demande des instances impliquées dans la conservation (DIREN, Parc National de Guadeloupe, ONCFS) en termes d’acquisition de connaissances opérationnelles et fondamentales, et permettent d’appréhender le degré d’isolement et de fragmentation de populations insulaires à statut vulnérable, ainsi que le risque potentiel de certaines interactions interspécifiques sur les équilibres démographiques.

 

Mots clés

biodiversité ; conservation ; endémisme ; parasite ; compétition ; Cichlerminia iherminieri

 

Compétences acquises:

- Génétique des populations

- Etude spatiale, estimation des domaines vitaux avec ArcGIS

- Parasitologie (Identification et quantification par biologie moléculaire)

- Suivi par radio-pistage

 

nichee

 

 

Thèmes de recherche (Ingénieur d'études pendant 3 ans)

  • Sénescence chez le diamant mandarin, Taenopygia guttata
  • Compromis d'allocations des ressources (caroténoïdes) entre les caractères sexuels secondaires et le système antioxydant.
  • Effets des conditions précoces sur les traits d'histoire de vie chez le diamant mandarin, Taenopygia guttata.
  •  
    Héritabilité des défenses antioxydantes ches les mésanges.

diamant_mandarin pigeons_au_nid

 

Thèmes de recherches abordés

  • Investissement maternel dans les oeufs : Mécanisme de compensation de l'asynchronie d'éclosion chez la tourterelle turque, Streptopelia decaocto.
  • Effet de l'environnement sur la survie des poussins de tourterelle turque.
  • Activation du système immunitaire : effet sur la couleur des yeux des pigeons
  • Prédation non-spécifique chez le gammare, Gammarus pulex, parasité par deux acantocéphales, Pomphorynchus laevis et Polymorphus minutus.
  •  
    Etude de l'alimentation du singe-écureuil de Bolivie, Saimiri boliviensis, pendant la période de reproduction.

Collaborations

  • Etude des peptides antimicrobiens dans les sécrétions de la peau de la rainette verte, Université Claude Bernard Lyon 1 (69)
  • Etude de l'impact des métaux lourds sur le système immunitaire du merle noir, Turdus merula, Université de Besançon (25)
  •  
    Sénescence et longévité chez les albatros Centre biologique de Chizé.

 

Publications

 

  • Arnoux E., Faivre B., Eraud C., Garnier S. 2012. Cross-species amplification of 12 microsatellite loci in the endemic Antillean Forest thrush (Turdus lherminieri). Molecular Ecology Resources. 12:570-572. doi: 10.1111/j.1755-0998.2012.03133.x

 

 
  • Leclaire S., White J., Arnoux E., Faivre B, Vetter N., Hatch S.A. & E. Danchin. 2011Integument coloration signals reproductive success, heterozygosity and antioxidant levels in chick-rearing black-legged kittiwakes. Naturwissenschaften. 98:773-782.

 

  • Cote J., Arnoux E., Sorci G. and Faivre B. 2010. Age-dependent allocation of carotenoids to coloration versus antioxidant defences. Journal of Experimental Biology. 213: 271-277
  • Lecomte V., Sorci G., Cornet S., Jaeger A., Faivre B., Arnoux E., Gaillard M., Trouvé C., Besson D., Chastel O., and H. Weimerskirsch. 2010 Patterns of aging in the long-lived wandering albatross. National Academy of Sciences of the USA (PNAS), 107(14):6370-6375
  • Belloni V., Faivre B., Guerreiro R., Arnoux E., Bellenger J. and Sorci G. 2010. Suppressing an Anti-Inflammatory Cytokine Reveals a Strong Age-Dependent Survival Cost in Mice. Plos Biology

Posters

  • Arnoux E., Eraud C., Thomas A., Cavallo F., Faivre B., Garnier S. Genetic and morphological differentiation at different scales: An implication for conservation in Forest thrish, Turdus lherminieri. Poster Colloque international de biogéographie, Miami 2012.

 

  • Arnoux E., Thomas A., Eraud C., Garnier S., Levesque A. And B. Faivre. Morphological differentiation at a small scale in an endangered species: The Forest thrush in a Guadeloupe island. Poster EOU conference Riga 2011.
  • Scheifler R., Fritsch C., Arnoux E., Coeurdassier M., Raoul F., Giraudoux P., Chastel O., Douay F., de Vaufleury A. and Faivre B.Accumulation and effects of Cd, Pb and Zn in blackbirds (Turdus merula) along a heavy metal pollution gradient. Poster SETAC Europe Göteborg 2009.

Présentations orales

 

  • Eraud C., Arnoux E., Gaillard M. and Faivre B. Eye colouration reflects current immune status in feral pigeons, ISBE, Tours, France 2006
  • Arnoux E., Eraud C. and Faivre B. Maternel investment in eggs : Mechanism of compensation of hatching asynchrony in collared doves Streptopelia decaocto, PPD, Lille, France, 2006

Techniques de laboratoire

  • Chromatographie haute performance liquide (caroténoïdes, ptéridines)
  • Spectrométrie : quantification de la capacité antioxydante totale, de la superoxyde dismutase, de l'oxyde nitrique, de la péroxydation des lipides, des caroténoïdes, de l'haptoglobine, des lysozymes et des peptides.
  • Microbiologie : Mesure de l'inhibition bactérienne par des peptides antimicrobiens sur agarose
  • Génétique : Sexage moléculaire sur du sang et des tissus, microsatellites, séquences, génétique des populations, phylogénie
  • Travail sur de l'ADN dégradé
  • Quantification d'hormones par dosage radio-immunologique.

Techniques sur le site de Bretenières et sur le terrain

  • Responsable du site avec Aude Balourdet
  • Entretien, nourrissage, gestion des stocks, commande
  • Mesures biométriques de oiseaux : tarse, masse, aile
  • Prise de sang sur la veine alaire
  • Frottis sanguins
  • Capture d'oiseaux avec des filets maillants
  • Pose de radio-émetteurs
  • Suivi des oiseaux par radio-émission
  • Suivi de la reproduction des mésanges en forêt

Stages

  • PCR en temps réel
  • HPLC et UPLC
  • Expérimentation animale niveau 1
  • Evaluation des risques chimiques
  • Utilisation des gaz
  • Abilitation autoclave

Formations

  • 2009-2012 : Doctorat
  • 2004 - 2005 : Master en biologie des organismes et des populations
  • 2000- 2003 : Licence en biologie cellulaire et physiologie
  • 2000 : Baccalauréat scientifique
Mise à jour le 15 juillet 2011

Alexandre Bauer

alexandre baueringénieur d'études CNRS

 

bureau 311C

équipe écologie évolutive

UMR CNRS/uB 5561 Biogéosciences

université de Bourgogne

6 bd Gabriel, 21000 Dijon, France

 

tél. : (+33) 3 80 39 39 46

fax : (+33) 3 80 39 62 31

abauer[CHEZ]u-bourgogne.fr

 

 

Responsabilités administratives actuelles

  • gestion de la base de données bibliographiques de l'équipe écologie évolutive ; enseignements de master en méthodes de recherche d'information scientifique
  • correspondant formation du laboratoire Biogéosciences
  • administration du site Web du laboratoire Biogéosciences

 

Responsabilités administratives passées

  • 2003 : coorganisation de la journée d'information dur la recherche à l'université de Bourgogne
  • 2004 - 2006 : conception et réalisation de documents (affiches et plaquettes) présentant l'offre de formation en écologie comportementale et évolution ; coorganisation des journées portes ouvertes à l'université de Bourgogne

  • 2001 - 2008 : assistant d'édition pour la revue scientifique Behavioural Processes

  • 2007 : conception et réalisation du site de la filière BOP
  • 2008 : conception du site du congrès ECBB 2008
  • 2009 : conception et réalisation du site du 8ISCPP

 

Recherche

Infection expérimentale du crustacé amphipode Gammarus pulex par le parasite acanthocéphale Pomphorhynchus sp.

 

cycle de Pomphorhynchus laevis En Bourgogne, trois espèces de parasites acanthocéphales (Polymorphus minutus, Pomphorhynchus laevis et Pomphorhynchus tereticollis) utilisent deux espèces de gammares (Gammarus pulex et G. roeseli) comme hôtes intermédiaires leur permettant de compléter leur cycle de vie. Ils ne pourront continuer leur croissance et se reproduire qu'après ingestion par un hôte définitif vertébré approprié : Polymorphus minutus doit atteindre un oiseau aquatique (de nombreuses espèces peuvent servir d'hôtes définitifs), tandis que les deux espèces de Pomphorhynchus se reproduisent chez des poissons (principalement le chevesne pour P. laevis et le barbeau pour P. tereticollis en Bourgogne).

 

 

 

 

 

scores de comportement des gammares Les gammares parasités ont souvent un comportement altéré par rapport aux gammares sains (figure : comparaison de la réaction de gammares sains et infectés par P. laevis vis à vis de la lumière, sur la base d'un indice allant de 0 pour les individus très photophobes à 10 pour les individus fortement attirés par la lumière). L’hypothèse la plus couramment invoquée pour expliquer ce phénomène est que les parasites modifieraient le comportement des hôtes après l’infection de manière à augmenter la probabilité de transmission vers leur hôte définitif par prédation. Les études de l’influence de ces parasites sur divers aspects phénotypiques de leurs hôtes, menées par notre équipe, se font encore à partir d’individus parasités récoltés sur le terrain.

 

Cependant, les données de terrain ne permettent pas d'établir de manière certaine une relation de causalité entre l'infection et l'altération comportementale des gammares. A cette fin, il est nécessaire d’obtenir une infection des gammares au laboratoire, et de mesurer leur comportement à différents stades de l'infection. En plus de répondre à cette question, la maîtrise des infections expérimentales de gammares par des parasites acanthocéphales ouvre des perspectives qui n'étaient pas envisageables auparavant pour l'étude de l'évolution des interactions entre des hôtes et parasites à cycle complexe.

 

Mots-clés : relations hôtes-parasites ; modifications comportementales ; invasions biologiques ; crustacés d'eau douce

 

Valorisation scientifique

Publications

Congrès
  • The Buffon Legacy, Natural History in the 21st century, du 3 au 6 septembre 2007 à Dijon
  • IEC 2007 : XXXth International Ethology Conference 15-22 august 2007, Halifax, Canada Communication orale : Alexandre Bauer, Nathalie Franceschi, Loïc Bollache & Thierry Rigaud Behavioural manipulation by an acanthocephalan parasite in its amphipod host: experimental evidence for an effect of ageing
  • SERL 2006 : 2e rencontres écologie et comportement, 14-17 mars 2006 à Strasbourg
    Communication orale : Alexandre Bauer, Nathalie Franceschi, Loïc Bollache & Thierry Rigaud Behavioural manipulation by an acanthocephalan parasite in an amphipod host: first experimental evidence
  • REID 2006 : réunion du réseau écologie des interactions durables, 9-11 janvier 2006 à Dijon
  • ESEB IX : 9th congress of the European Society for Evolutionary Biology, 18-24 août 2003 à Leeds
  • ISBE 2002 : 9th International Behavioral Ecology Congress, 7-12 juillet à Montréal
  • Colloque de la Société Française d'Étude du Comportement Animal, 29 mai - 1e juin 2001 à Poitiers : Relations interspécifiques
  • Colloque SIFA 2000, 28-29 septembre 2000 à Orsay : Les Organismes Aquatiques, Physiologie, Écophysiologie et Écotoxicologie
    Présentation d'un poster : Influence de Pomphorhynchus laevis sur le comportement de gammaridés natifs et envahisseurs. Bauer A.
  • Colloque Le petit pois Déridé. XXIIe réunion annuelle du Groupe de Biologie et Génétique des Populations, 27-31 août 2000 à Dijon
  • Premières Journées d'écologie comportementale, 19-21 mars 1998 à Dijon
dernière mise à jour : janvier 2010

Aude Balourdet

Atp2 animalière

Adresse:

Équipe Écologie Évolutive

UMR CNRS/ uB 5561 Biogéosciences

Université de Bourgogne

6 bd Gabriel

21000 Dijon, France

tel: 03.80.39.91.05/90.58

fax:03.80.39.62.31

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Formations:

  • BEPA Animalier de laboratoire = niveau II expérimentation animale
  • APAVE (autoclave)
  • Premiers secours
  • monitrice en éducation canine 1er degrés
  • monitrice école du chiot ( méthode naturelle, renforcement positif)

Expériences professionnelles:

  • 2001 à 2003: BEPA à vendôme. Apprentissage des méthodes de préhensions, contentions, tranquillisations, injections et prélèvements sur souris, rats, lapins et chiens
  • 2002: stage à la faculté de médecine de Nancy sur brebis, porcs, lapins, rats et souris
  • 2003: stage au centre de primatologie de strasbourg (11 espèces différentes)
  • 2004: Animalerie de souris transgéniques, xénopes, phyllomédusa et pleurodèles (institut Jacques Monot à Jussieux, Paris)
  • 2004 à 2008: Animalerie de souris transgéniques dans laquelle je réalisais le suivi complet d'une cinquantaine de lignées (à l'ENS 75005 Paris)
  • 2009à 2011: Animalerie oiseaux dans le laboratoire de Biogéosciences, équipe Ecologie Evolutive à Dijon et sur le site de Bretenière
  • 2011 à ...: Animalerie, laboratoire de Biogéosciences, équipe Ecologie Evolutive à Dijon sur l'Université de Bourgogne

diamant mandarin canari

Mon travail au sein de Biogéosciences:

  • Participation aux expérimentations
  • Participation aux captures d'oiseaux, poissons, gammares, ...
  • Observations, marquages et mesures diverses sur le terrain

canari

David Beaune

david_beaune_snake_vUniversité de Bourgogne

UMR CNRS Biogéosciences

Équipe écologie évolutive

6 bd Gabriel, 21000 Dijon

France

Avec: Pr Loïc Bollache/ Pr François Bretagnolle

Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology

Department of Primatology

Deutscher Platz 6, 04103 Leipzig

Allemagne

Avec: Dr Barbara Fruth/ Dr Gottfried Hohmann

Email: Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.


Projet de recherche

Fonctions écologiques du bonobo (Pan paniscus)

Les écosystèmes se composent d'espèces de diverses importances. En écologie, une espèce clef de voûte est définie comme une espèce dont les changements d’abondance bouleversent la structure et la dynamique du système. L'identification de l'espèce clef de voûte est donc cruciale pour comprendre le fonctionnement d'un écosystème particulier. Le bassin du Congo est la deuxième plus grande forêt tropicale du monde et est donc d'importance majeure pour la stabilité écologique de la planète et la conservation de la biodiversité. Dans ce milieu, les interactions entre espèces créent un réseau à l'équilibre, ce qui est particulièrement vrai pour les angiospermes. En effet, la survie de ces plantes à fleurs dépend principalement des animaux pour la dispersion des graines et la pollinisation. En tant qu'élément de l'écosystème de bassin du Congo, le bonobo (Pan paniscus) pourrait être l'une de ces espèces clefs de voûte qui maintiennent la stabilité de la forêt.

singes

Cependant et étonnamment, les études écologiques sur les bonobos sauvages sont encore limitées et les cites de recherches rares. Depuis 2002, l'institut Max-Planck pour l'anthropologie évolutive (MPI) conduit des recherches sur l'écologie comportementale et la diversité florale à LuiKotale. Le site fait partie du bloc forestier tropical de la Salonga, à la bordure sud-est du parc national.

study area


L'écologie alimentaire des bonobos englobe de nombreuses espèces et arbres fruitiers tels que Ficus, Dialium et d'autres plantes écologiquement importantes. Ce comportement devrait affecter la reproduction de ces arbres et donc l'écologie de tout l’écosystème forestier.

Le but de ce projet est de déterminer ce rôle, l’importance et le fonctionnement de ces interactions et ses conséquences dans la gestion de la conservation de cet écosystème et de sa biodiversité.

study context


Conservation

Bonobo Alive:

BA est une organisation de protection des bonobos par l'éducation et la lutte antibraconnage crée à LuiKotale, par les chercheurs.

Site web: bonobo-alive.org

Notre vidéo

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L'Experimentarium


Le site

La fiche chercheur

Jean-Sébastien Bolduc

Jean-Sébastien Bolduc

UMR CNRS 5558 - LBBE

"Biométrie et Biologie Évolutive"

UCB Lyon 1 - Bât. Grégor Mendel

43 bd du 11 novembre 1918

69622 VILLEURBANNE cedex

bolduc_js*yahoo.ca

 

 

Présentation générale

 

Le laboratoire

Je suis biochimiste de formation. J’ai réalisé un M.Sc. en toxicologie environnementale à l’Université du Québec à Montréal. Le projet de recherche que j’ai conduit au cours de cette période consistait à étudier l’influx d’ions cadmium (un métal lourd, similaire au plomb et au mercure) à l’intérieur des cellules d’une lignée intestinale humaine immortelle. J’ai utilisé plusieurs techniques de microscopie à fluorescence pour visualiser en temps réel le transport du cadmium à l’intérieur de la cellule, ainsi que le stress oxydatif occasionné.

 

La toxicologie

Un formidable concours de circonstance m’a incité à laisser tomber le travail de laboratoire, l’une des dimensions les plus importantes de la toxicologie, pour m’intéresser à d’autres facettes de la discipline. Je me suis donc penché sur les aspects historiques et épistémologiques de sa mise en place comme discipline scientifique. Ce travail a été l’occasion d’un cheminement intellectuel important. De l’intuition plutôt vague que la toxicologie pose des problèmes ontologiques et épistémologiques importants, j’ai compris que des questions similaires apparaissent non seulement dans l’ensemble des pratiques scientifiques contemporaines mais, encore, dans les outils philosophiques utilisés pour les approcher. La thèse de philosophie des sciences que j’ai ensuite entreprise illustre sans ambiguïté cet état de fait.

 

Le comportement animal

Le projet de thèse que j’ai conduit affichait deux objectifs principaux. D’une part, il s’agissait d’analyser le passage ou la transformation d’une discipline institutionnalisée (l’éthologie au sens de Lorenz et Tinbergen) à une autre (l’écologie comportementale). D’autre part, il s’agissait d’établir une définition de la notion de comportement animal, avec toutes les difficultés qu’une telle notion ne manque pas de véhiculer. Ci-dessous, dans le résumé « officiel » de mon manuscrit de thèse, il apparaît clairement que ces deux objectifs sont étroitement associés :

 

Résumé de la thèse

Dans cette enquête nous entreprenons d’explorer la notion de comportement animal telle que l’exprime une discipline contemporaine, l’écologie comportementale. Afin de procéder à l’examen d’une notion aussi complexe, positionnée dans un contexte étroit, nous développons et utilisons un outil d’investigation : l’épistémologie historique. De façon générale, cet outil consiste à intégrer en une seule démarche les perspectives d’investigation diachronique et synchronique sur un même thème. Ainsi, pour procéder à l’examen de la notion de comportement animal, nous puisons d’abord dans l’histoire récente de l’écologie comportementale. Nous nous intéressons plus particulièrement à sa filiation avec l’éthologie classique et, après avoir reconstitué la trame historique qui unit les deux disciplines, nous procédons à leur comparaison. Cette seconde étape de notre épistémologie contribue à mettre en évidence plusieurs différences critiques dans la conception du comportement animal qu’endosse chacune des disciplines. Ces distinctions, en faisant ressortir la spécificité de l’écologie comportementale, nous permettent ensuite de nous intéresser à la notion de comportement animal à travers les approches principales que cette discipline mobilise. Ultimement, nous élaborons deux définitions de la notion de comportement animal. La première reflète le statut ontologique du comportement dans la discipline, alors que la seconde correspond à la conception qui se dégage de la pratique des écologues.

 

Ph.D. dissertation abstract

In this inquiry I undertake to explore the notion of animal behaviour as it is expounded in a contemporary field of inquiry: behavioural ecology. In order to carry out an analysis of such a complex notion, localized in a very narrow context, I design and use a specific tool of investigation called “historical epistemology”. Simply understood, this tool consists in the integration of diachronic and synchronic perspectives of investigation into a single approach to investigate a circumscribed theme. So, in order to proceed to the analysis of the notion of animal behaviour, I first draw into the recent history of behavioural ecology. I take special interest in its filiation with classical ethology and, after having reconstructed the historical frame that links the two fields together, I proceed to compare them. This comparison, the second step of my epistemology, is used to highlight the characteristics of the animal behaviour conceptions put forward by the two scientific disciplines. These distinctions, bringing to the fore the specificity of behavioural ecology, then allow me to scrutinize the notion of animal behaviour as it is instantiated in the main approaches mobilized by the discipline (especially what I identifies as the “phenotypic adaptationist”, the “phenotypic structural”, the “comparative” and the “by reduction” approaches). Last, I design two definitions of the notion of animal behaviour. The first one reflects the ontological status of the notion in this field of investigation, whereas the second corresponds to the conception underlying behavioural ecologist practices.

 

Recherches actuelles

 

Stage post-doctoral

J’ai l’immense privilège d’avoir obtenu une bourse de stage post-doctoral de la part du Fond Québécois de Recherche sur la Société et la Culture, un organisme du Gouvernement du Québec. Cette bourse, d’une durée de deux ans, me permet de conduire mes recherches en France, au sein de deux excellentes structures scientifiques : le Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE, Université Claude Bernard Lyon 1) et l’Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et Techniques (IHPST, Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne).

 

Projets

L’ensemble de mon travail s’appuie sur la pratique des sciences biologiques contemporaines. Les problèmes métaphysiques et, surtout, épistémologiques qui me passionnent sont ceux qui me permettent de mieux caractériser cette activité humaine unique qu’est la science. Les objectifs qui suivent rendent compte de l’ensemble de mes projets actuels.

 

Décrire et caractériser la notion de mode de raisonnement. Mes travaux portant sur l’étude du comportement animal au 20e siècle montrent que la recherche sur un tel objet peut être décomposée en un nombre limité de schèmes, d’habitudes de penser ou, comme je souhaite le définir, de modes de raisonnement. Selon l’hypothèse que j’envisage, un mode de raisonnement est une inférence matérielle d’une structure particulière, c'est-à-dire une inférence matérielle mettant en relation des sortes particulières de faits empiriques.

 

Réévaluer la question de l’adaptationnisme. Il existe une littérature abondante et hétérogène sur le sujet. Je défends la thèse selon laquelle l’adaptationnisme n’est pas une supposition concernant le rôle et l’importance de la sélection naturelle, pas plus qu’une supposition au sujet de l’histoire évolutive des traits observés. L’adaptationnisme est en fait un mode de raisonnement qui permet d’étudier les déterminations internes et externes des traits et, importante source de confusion dans la littérature philosophique, d’identifier de potentielles adaptations.

 

Caractériser l’écologie comportementale. Je décris une discipline contemporaine, l’écologie comportementale, en mettant en évidence les différents modes de raisonnement (l’adaptationnisme, notamment) qu’elle mobilise.

 

Ré-analyser la transition de l’éthologie classique à l’écologie comportementale. Dans la mesure où les outils techniques et conceptuels ont beaucoup changé au cours du 20e siècle, il semble inévitable que la nature et le poids relatif des modes de raisonnement utilisés aient aussi évolué. J’envisage de tester cette hypothèse historique et épistémologique à l’aide d’un outil semi-quantitatif de bibliométrie.

 

 

Jean-Sébastien Bolduc

 

 

Très bref curriculum vitae

 

Stage de recherches postdoctorales

Le comportement animal : statuts ontologique et épistémologique de l'objet scientifique étudié par l'écologie comportementale (sous la supervision du Pr. Jean Gayon et du Pr. Emmanuel Desouhant).

 

Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Université Claude Bernard Lyon 1

Institut d’Histoire et de Philosophie des Sciences et Techniques, Université Paris 1

 

Financement : Fond québécois de recherche en science et culture (FQRSC), période de validité : octobre 2010 à septembre 2012.

 
 

Parcours universitaire

Thèse de doctorat en philosophie (cotutelle; mention: Félicitations.../ Excellent) [2009]

Epistémologie historique de l’étude du comportement animal (sous la direction des Pr. Gérard Chazal et François Duchesneau, avec la collaboration du Pr. Frank Cézilly)

Université de Bourgogne – Dijon, France ; Université de Montréal – Montréal, Québec

 

Master II de philosophie (mention: très bien) [2005]

Pour une Nouvelle Toxicologie –essai d’épistémologie historique (sous la direction du Pr. Gérard Chazal). Université de Bourgogne – Dijon, France

 

Maîtrise en philosophie (mention: très bien) [2004]

Réflexion de nature épistémologique sur la toxicologie (sous la direction du Pr. Gérard Chazal). Université de Bourgogne – Dijon, France

 

Maîtrise de biochimie (mention : excellent) [2002]

Étude en microscopie à fluorescence de l’influx et de la distribution subcellulaire initiale du cadmium dans les cellules Caco-2 : impact sur le statut redox cellulaire et sur le potentiel membranaire mitochondrial (sous la direction des Pr. Catherine Jumarie et Francine Denizeau).

Université du Québec à Montréal – Montréal, Canada

 
 

Communications en cours d’évaluation ou de révision

Bolduc, J.-S. et Cézilly, F. “Optimality modelling in the real world”. Soumis à Biology and Philosophy.

Bolduc, J.-S. “Behavioural Ecology’s Ethological Roots”. Soumis à Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences (en cours d’évaluation).

Bolduc, j.-S. “La classification des instincts au 18e siècle”. Soumis à History of Philosophy of the Life Sciences. Refusé, en réécriture.

 
 

Communications écrites (les plus récentes)

Bolduc, J.-S. (2010) “Problèmes entourant la définition de la notion de comportement animal”, in Sciences Humaines Combinées [en ligne], Vol. 6, Actes du Colloque Interdoctoral 2010, http://revuesshs.u-bourgogne.fr/lisit491/document.php?id=677 ISSN 1961-9936.

Bolduc, J.-S. “La figure du scientifique chez Gaston Bachelard”, in L’altérité dans l’œuvre et la philosophie de Bachelard, éditeur Thiboutot, C., Montréal, CIRP,

Bolduc, J.-S. et Cézilly, F. (2009) « Histoire naturelle et identité sexuelle », in La nature dans l’identité sexuelle, éditeur Mache, R., Paris, L’Harmattan, pp. 21-41.

 

Communications orales (les plus récentes)

Bolduc, J.-S. (2011) “Adaptationism, beyond controversies and into the fabric of scientific reasoning”, Third biennial conference of the Society for the Philosophy of Science in Practice (SPSP), 22-24 juin, ESRC Centre for Genomics in Society (Egenis), University of Exeter, Royaume-Uni.

Bolduc, J.-S. (2011) “Un outil pour l’histoire des sciences : les modes de raisonnement”, Congrès 2011 de la Société Française d’Histoire des Sciences et des Techniques (SFHST), 18-20 mai, Université de Nantes, Nantes, France.

Bolduc, J.-S. (2011) “Mechanistic and evolutionary perspectives in biology –Understanding the disjunction”, Evolution Workshop 2011 (EW2011), 20 avril, Max Delbrueck Center for molecular medicine Berlin Buch, Berlin, Allemagne. [INVITÉ]

Bolduc, J.-S. (2011) “Traduire la notion de fitness en français”, Congrès de la Société d’Histoire et d’Epistémologie des Sciences de la Vie (SHESVIE), 17-18 mars, Université d’Angers, Angers, France.

Bolduc, J.-S. (2011) “Fitness and related notions in contemporary biology: an assessment”, Séminaire du Département de Philosophie, 30 mars, National Chung-Cheng University, Minsyong, Taïwan.

Bolduc, J.-S. (2010) “Animal behaviour: a perspective and an agenda”, Séminaire de laboratoire, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, organisateur Vincent Daubin, 9 décembre, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France.

Bolduc, J.-S. (2010) Commentaires sur “Les théories biologiques de portée intermédiaire” du Pr. Jean Gayon, 4e Conférences Duhem, 2 avril, Ecole Normale Supérieure, Paris, France. [INVITÉ]

Bolduc, J.-S. (2010) “Les modèles dans la pratique scientifique”, Département de philosophie, 17 mars, Université du Québec à Montréal, Montréal, Canada. [INVITÉ]

Bolduc, J.-S. (2009) “Homology and Contemporary Study of Animal Behavior”, Duke’s 8th Annual Conference in Philosophy & Biology, jumelée à la Quatrième rencontre du Consortium Paris-Toronto-Montréal-Duke en philosophie de la biologie, 22 au 24 mai, Duke University, Durham, E.-U.

 

 

dernières modifications: 2 mars 2011

Arnaud Brayard

Chargé de Recherches CNRS

Address:

Arnaud BRAYARD

UMR 6282 CNRS/uB Biogéosciences

Université de Bourgogne

6 boulevard Gabriel

21000 Dijon

FRANCE

 

Tel : +33 380-39-36-95

Fax : +33 380-39-63-87

 

Email : arnaud.brayard [AT] u-bourgogne.fr

 

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Sylvain Clerc

Sylvain ClercDoctorant Sciences de la Terre

Financement GDF-Suez 2009-2012 (Bourse CIFRE)

Rattaché à l'équipe SEDS (Systèmes, Environnements et Dynamique Sédimentaire)

GDF-Suez - Division Exploration Production

1 place Samuel de Champlain - Foubourg de l'Arche

92930 Paris la Défense Cedex - France

Laboratoire Biogéosciences (UMR /CNRS 5561)

Université de Bourgogne

6 Bd Gabriel, 21000 DIJON

Bureau : +33(0)1.56.65.49.85 (GDF-Suez) ou +33(0)3.80.39.63.64 (Ub)

Fax : +33(0)3.80.39.63.87

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Sujet de thèse

Durant l’Ordovicien supérieur, le Gondwana fut recouvert par une grande calotte glaciaire. Située en position polaire, elle s’étendait sur 8000 km, atteignant une latitude de 30° S et recouvrant presque la totalité de l’Afrique, de l’Amérique du Sud et de l’Arabie. Les variations climatiques durant cette période froide Hirnantienne sont assez complexes, mais globalement elles peuvent être divisées en deux cycles glaciaires basse fréquence (avancée et retrait), séparés par une période interglaciaire limitant l’extension de la glace aux plus hautes latitudes.

Récemment, quelques auteurs commencent également à mettre en évidence le rôle important de la dynamique glaciaire sur l’enregistrement sédimentaire. Il semblerait que la localisation des dépôts gréseux glaciomarins soit contrainte par la dynamique des fleuves de glace au sein de la calotte ordovicienne, principalement à leur embouchure. Des structures similaires se retrouvent aujourd’hui sur le continent Antarctique, notamment dans le secteur de la Mer de Ross et représentent des zones préférentielles d’écoulement de la glace, avec des vitesses pouvant atteindre 800 m/an.

Les réservoirs d’origine glaciaire représentent un potentiel estimé à plus de 0.5% des réserves mondiales. Jusqu’à présent, ces réservoirs sont peu exploités suite à un manque connaissance en termes de stratigraphie, de prédiction, et des mécanismes qui gouvernent la préservation des qualités réservoir. Ces réservoirs se rencontrent dans de nombreux bassins d’Afrique du Nord, Libye et jusqu’en Arabie Saoudite et en Oman (glaciation d’âge protérozoïque).

L’intérêt industriel réside donc dans un travail à l’échelle du champ et vise à identifier les mécanismes d’érosion, de mise en place de ces vallées tunnel, et à caractériser le remplissage et le réservoir. Cette étude permettra également de comprendre comment les vallées tunnels s’imbriquent dans les grandes vallées liées à l’érosion par les fleuves de glace. Enfin, ce travail essaiera de définir les relations génétiques entre les vallées tunnels et les cônes sédimentaires situés à l’embouchure de ces grands systèmes de drainage de la calotte glaciaire ordovicienne.





Parcours Académique

  • 2007-2008 - Master 2 Recherche Géobiosphère (Université de Bourgogne) - Analyse physico-chimique des phases particulaires et dissoutes des eaux de fonte glaciaires; Exemple du Glacier des Bossons, Chamonix Mont-blanc, France (Mention B)
  • 2006-2007 - Master 1 (Université de Tromsø, Norvège) - Sédimentologie des environnements Quaternaires (Mention B)
  • 2003-2006 - Licence (Université de Bourgogne) - Sciences de la terre et de l'environnement (Mention AB)


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Missions

  • Novembre 2010 - Etude de l'enregistrement sédimentaire pré-glaciaire et glaciaire durant l'Ordovicien dans la région d'Erfoud, Maroc
  • Juillet 2010 - Etude des dépôts glaciaires Quaternaires de la Baie de Killiney et de Ballyhorsey, County Wicklow, Irlande
  • Mars 2009, Octobre 2009 et Janvier 2010 - Acquisition des données de terrain à Alnif, Maroc
  • Janvier 2009 - Reconnaisance de la zone d'étude des séries glaciaires ordoviciennes à Alnif, Maroc
  • Juillet 2008 - Analyse sédimentologique des dépôts glaciaires Quaternaire de Killiney Bay, Sud de Dublin (Irlande). Collaboration Laboratoire Biogéosciences et GDF-Suez DEP.
  • Juillet 2007 et 2005 - Acquisition de données sur le Glacier des Bossons, Massif du Mont-blanc, Chamonix. Laboratoire Biogéosciences
  • Juillet 2006 - Analyse sédimentologie et prospection radar d'un cône juxta-glaciaire du Dernier Maximum Glaciaire,Combe d'Ain, Jura. Collaboration Laboratoire Biogéosciences et Gaz de France DEP.

Publications

Clerc, S., Buoncristiani, J.-F., Guiraud, M., Desaubliaux, G., Portier, E. (In press) – Depositional model in subglacial cavities, Killiney Bay, Ireland. Interactions between sedimentation, deformation and glacial dynamics. Quaternary Science Reviews (10.1016/j.quascirev.2011.12.004)

Communications

2011

Clerc, S., Buoncristiani, J.-F., Guiraud, M., Desaubliaux, G., Portier, E. – Modèle de dépôts dans des cavités sous-glaciaires - Intéractions entre sédimentation, déformation et dynamique glaciaire – Congrès ASF 2012 – Dijon, France.

Clerc, S., Buoncristiani, J.-F., Guiraud, M., Desaubliaux, G., Portier, E. – Depositional model in subglacial cavities. Example from Killiney, East-Central Ireland – International Quaternary Association Meeting INQUA XVIII – Berne, Suisse.

2010

Clerc, S., Portier, E., Buoncristiani, J.-F., Guiraud, M., Desaubliaux, G. – Enregistrement stratigraphique de la glaciation ordovicienne dans l’est de l’Anti-Atlas marocain – Réunion des Sciences de la Terre – Bordeaux.

Clerc, S., Portier, E., Buoncristiani, J.-F., Guiraud, M., Desaubliaux, G. - Stratigraphic record of the Late Ordovician glaciation in Morocco – Micromorpholohy of Glacial Sediments Workshop – Londres

2009

Clerc, S., Portier, E. et Buoncristiani, J.-F., Desaubliaux, G. – Anatomie, facies et processus de dépôt d’un cône juxta-glaciaire Ordovicien. Congrès Annuel de l’Association des Sédimentologistes Français, Rennes.

Clerc S. Portier E., Buoncristiani J.F., (2009) - Sedimentological analysis of a tunnel valley infilling in Ireland - Buried glacial valleys and recent advances in understanding groundwater and hydrocarbon resevoirs, Workshop 05 ; European Association of Geoscientists and Engineers (EAGE) - Amsterdam

Clerc S. Portier E., Buoncristiani J.F., (2009) - A new depositional model for glacial sediments in Killiney Bay during the last Devensian deglaciation, East-Central Ireland - European Geosciences Union (EGU) Annual Meeting, Vienne (POSTER)

Clerc S., Amiotte-Suchet P., Winiarsky T., Buoncristiani J.F. (2009) - Influence des évènements pluvieux sur le transport sédimentaire et la composition des eaux de fonte glaciaires. Exemple du Glacier des Bossons, Massif du Mont-Blanc - Congrès de la Société Hydrotechnique de France Section Glaciologie/Nivologie, Grenoble.

Dernière mise à jour le 7 Décembre 2011

Emmanuel Fara

Emmanuel Fara

Paléontologue

Professeur

Laboratoire Biogéosciences (UMR CNRS / uB 6282)

Equipe Biodiversité-Macroécologie-Evolution (BioME)

UFR Sciences de la Vie, de la Terre et de l'Environnement (SVTE)

Université de Bourgogne

6 boulevard Gabriel

21000 Dijon

Tél : 03-80-39-39-70

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terrainRECHERCHE

 

Thématique de Recherche

 

De la Macroévolution à la Macroécologie : analyse multi-échelle de la biodiversité passée et évaluation de la qualité du registre fossile

Mots clés: biodiversité, macroévolution, macroécologie, registre fossile, taphonomie, communautés, phylogénie, extinctions.

L’état de la biodiversité actuelle est une des préoccupations majeures de nos sociétés, et l’impact des changements globaux sur le monde vivant ne fait plus aucun doute. Cependant, face aux modifications environnementales récentes, les réponses biologiques sont extrêmement hétérogènes dans l’espace et dans le temps si bien que toute extrapolation dans ces deux dimensions est compromise.

Ce problème d’extrapolation peut être contourné en observant directement la biodiversité à de grandes échelles d’espace et de temps, qui sont respectivement les prérogatives essentielles -mais non exclusives- de la macroécologie et de la macroévolution. Dans ce contexte, le registre fossile offre un cadre unificateur à ces disciplines dont la convergence scalaire permet d’étudier directement les grandes facettes de la biodiversité à l’échelle des temps géologiques. Au-delà d’une simple documentation à une échelle inaccessible par ailleurs, un des objectifs ultimes de la démarche paléontologique est d’offrir une perspective historique aux nombreuses interrogations scientifiques et sociétales sur le changement global actuel. Sur fond de biologie de la conservation, le mariage inévitable de ces champs d’investigation, en particulier ceux affublés du préfixe « macro- », est rafraîchissant car il invite à une réflexion partagée et concrète sur le plan théorique (que mesure-t-on vraiment ?) et sur le plan méthodologique (comment mesurer ?).

Cette émulation fertile et transdisciplinaire forme le canevas sur lequel évoluent mes propres questionnements scientifiques. Elle en illustre également le thème principal :

A partir de données fossiles dont la qualité est préalablement évaluée, il s’agit d’appréhender la biodiversité zoologique passée et ses réponses aux changements paléoenvironnementaux en se plaçant à différentes échelles temporelles, spatiales, et phylogénétiques.

Mes activités de recherche consistent donc à explorer les liens étroits unissant

  • la qualité du registre fossile et la taphonomie,
  • les communautés et les paléoenvironnement,
  • la macroévolution,
  • la macroécologie.

Mes travaux les plus récents mettent l’accent sur la structuration spatiale de la biodiversité et sur le rôle de la phylogénie dans l’unification des processus macroévolutifs et macroécologiques.

L’essentiel de mes activités peut être synthétisé par la Figure 1:

 

Figure 1. Schéma conceptuel illustrant mes thématiques principales de recherche. La ligne pointillée symbolise la limite entre la véritable histoire de la biodiversité (diagramme en bas à gauche) et le registre fossile correspondant (diagramme en haut à droite). L’histoire évolutive et sa perception à partir des données paléontologiques sont représentées sur trois plans spatiaux positionnés sur la flèche du temps. Les petites formes colorées correspondent aux taxons contenus dans une communauté ou un assemblage (auréoles bleues), eux-mêmes organisés au sein de provinces biogéographiques (auréoles transparentes). L’environnement est symbolisé par des arbres.

Les grandes questions abordées sont les suivantes :

  • Le registre fossile est-il suffisamment adéquat pour appréhender les diversités locales, régionales et globales ? Comment quantifier sa qualité et les biais inhérents à sa nature incomplète? Quels sont les processus de préservation et comment influencent-ils la fidélité des assemblages paléontologiques ?
  • Comment les communautés se sont-elles structurées sur le long terme et comment ont-elles répondu aux variations paléoenvironnementales locales et régionales?
  • Comment s’articulent les variations spatiales, temporelles et phylogénétiques de la biodiversité passée?
  • Quels sont les liens entretenus entre les diversités phylogénétique, taxinomique et morphologique lors d’extinctions en masse et de périodes de relative quiescence ?

Les modèles d’étude utilisés sont essentiellement les mollusques et les vertébrés mésozoïques et cénozoïques. Les gastéropodes terrestres actuels sont venus récemment agrandir la liste des modèles d’étude, ainsi que les traces fossiles.La démarche employée est inévitablement multi-échelle et s’étend de l’étude des bioaccumulations locales aux motifs globaux de diversité. Elle laisse donc une grande place au travail de terrain (Brésil, USA, Gabon, France) et à l’analyse statistique des données.

 

Modèles employés

modèles biologiques étudiés

    • Ammonites ouest-téthysiennes du Pliensbachien (Jurassique Inférieur). Collaboration avec Jean-Louis Dommergues, Christian Meister et Pascal Neige
    • Macrofaunes benthiques des falunières lutétiennes du Bassin de Paris. Collaboration avec Didier Merle (MNHN) et Pascal Neige (uB).
    • Ichthyofaune de la Formation Santana, Crétacé Inférieur du Brésil.
    • Assemblages de mammifères du Mio-Pliocène d’Afrique. Collaboration avec les membres de la MPFT (Mission Paléoanthropologique Franco-Tchadienne)
    • Communautés actuelles de gastéropodes terrestres (nord-est de la France)

 

Publications


Publications internationales avec comité de lecture
 
  • Moreau J.D., Fara, E. Gand G., Lafaurie G. & Baret L. (accepté) Gigantism among Late Jurassic limulids: new ichnological evidence from the Causses Basin (Lozère, France) - Geobios. [PDF]
  • Le Fur S., Fara E., Mackaye H.T., Vignaud P. & Brunet M. (2014) - Toros-Menalla, the earliest hominin-bearing area (Chad, 7 Ma): how many mammal palaeocommunities? - Journal of Human Evolution DOI:10.1016/j.jhevol.2013.09.012 [PDF]
  • Olivier N., Brayard A., Fara E., Bylund K.G., Jenks J.F., Vennin E., Stephen D.A., Escarguel G. (2014) - Smithian shoreline migrations and depositional settings in Timpoweap Canyon (Early Triassic, Utah, USA) - Geological Magazine doi:10.1017/S0016756813000988. [PDF]
  • Brayard A., Bylund K.G., Jenks J.F., Stephen D.A., Olivier N., Escarguel G., Fara E. & Vennin E. (2013) - Smithian ammonoid faunas from Utah: implications for Early Triassic biostratigraphy, correlation and basinal paleogeography - Swiss Journal of Palaeontology 132: 141-219. [PDF]

  • Brosse M., Brayard A., Fara E. & Neige P. (2013) - Ammonoid recovery after the Permian-Triassic mass extinction: a reexploration of morphological and phylogenetic diversity patterns – Journal of the Geological Society of London 170: 225-236. [PDF]
  • Hardy C., Fara E., Laffont R., Dommergues J.-L., Meister C. & Neige P. (2012) - Deep-time phylogenetic clustering of extinctions in an evolutionarily dynamic clade (Early Jurassic ammonites) - PLoS ONE 7(5): e37977. doi:10.1371/journal.pone.0037977 [PDF]
  • Moreau J.-D., Gand G., Fara E. & Michelin A. (2012) - Biometric and morphometric approaches on Lower Hettangian dinosaur footprints from the Rodez Strait (Aveyron, France) - C. R. Palevol 11 (4): 231-239. [PDF]
  • Le Fur S., Fara E. & Vignaud P. (2011) - Effect of simulated faunal impoverishment and mixture on the ecological structure of modern mammal faunas: implications for the reconstruction of Mio-Pliocene African palaeoenvironments - Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology 305: 295-309. [PDF]
  • Escarguel, G., Fara E., Brayard, A. & Legendre, S. (2011) – Biodiversity is not (and never has been) a bed of roses ! – Comptes Rendus Biologies 334: 351-359. [PDF]

  • Dera G., Neige P., Dommergues J.-L., Fara E., Laffont R. & Pellenard P. (2010) High-resolution dynamics of Early Jurassic marine extinctions: the case of Pliensbachian-Toarcian ammonites (Cephalopoda) - Journal of the Geological Society of London 167: 21-33.[PDF]
  • Tabuce R, Marivaux L, Lebrun R., Adaci M., Bensalah M., Fabre P-H., Fara E., Gomes Rodrigues H., Hautier L., Jaeger J-J., Lazzari V., Mebrouk F., Peigné S., Sudre J, Tafforeau P., Valentin X. & Mahboubi M. (2009) - Anthropoid versus strepsirhine status of the African Eocene primates Algeripithecus and Azibius: craniodental evidence - Proceedings of the Royal Society B (2009) 276: 4087-4094. Published online at doi:10.1098/rspb.2009.1339. [PDF]
  • Fara E., Gayet M. & Taverne L. (2009) Chapter 6: "The Fossil Record of Gonorynchiforms". In: Poyato-Ariza, F.J., Grande, T., & Diogo, R. (Eds.) - Teleostean Fish Biology; A Comprehensive Examination of Major Taxa.Vol. 1: Gonorhynchiformes and Ostariophysan Relationships: a Comprehensive Review. Science Publishers Inc., Enfield, New Hampshire, USA, pp. 173-226. [PDF]
  • Dommergues J-L., Fara E. & Meister C. (2009). Ammonite diversity and its palaeobiogeographical structure during the early Pliensbachian (Jurassic) in the western Tethys and adjacent areas - Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology 280: 64-77. [PDF]
  • Le Fur S., Fara E., Mackaye H.T., Vignaud P. & Brunet M. (2009). The mammal assemblage of the hominid site TM266 (Late Miocene, Chad Basin): ecological structure and paleoenvironmental implications - Naturwissenschaften 96: 565-574. [PDF]
  • Viriot L., Vignaud P., Boisserie J.-R., Fara E., Guy F., Lihoreau F., Lehman T., Schuster M., Blondel C., Duringer P., Likius A., Mackaye H.T., Otero O.& Brunet M. (2008) Late Miocene to Early Pliocene Chadian vertebrate faunas: palaeoenvironmental and palaeobiogeographical implications - The Geology of East Libya 3, 303-308. [PDF]
  • Saraiva A.Á.F., Hessel M.H., Guerra N.C. & Fara E. (2007) Concreções calcárias da Formação Santana, Bacia do Araripe: uma proposta de classificação. Estudos Geológicos 17 (1): 40-57. [PDF]
  • Fara E., Gayet M. & Taverne L. (2007) Les Gonorynchiformes fossiles: distribution et diversité - Cybium 31 (2): 115-122. [PDF]
  • Pinton A., Fara E. & Otero O. (2006) - Spine anatomy reveals the diversity of catfish through time: a case study of Synodontis (Siluriformes) - Naturwissenschaften 93: 22-26. [PDF]
  • Fara E., Likius A., Mackaye H.T., Vignaud P. & Brunet M. (2005) - Pliocene large-mammal assemblages from northern Chad: sampling and ecological structure - Naturwissenschaften 92: 537-541. [PDF]
  • Fara E., Saraiva A., Campos D.A., Moreira J.K.R., Siebra D.C. & Kellner A.W.A. (2005) - Controlled excavations in the Romualdo Member of the Santana Formation (Araripe Basin, Lower Cretaceous, northeastern Brazil): stratigraphic, palaeoenvironmental and palaeoecological implications - Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology 218 (1-2): 145-160. [PDF]
  • Fara E. & Langer M.C. (2004) - Estimates of phylogeny and biochronology - Revista Brasileira de Paleontologia 7(3): 301-309. [PDF]
  • Fara E. (2004) - Estimating minimum global species diversity for groups with a poor fossil record: a case study of Late Jurassic-Eocene lissamphibians - Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology, 207 (1-2): 59-82. [PDF]
  • Fara E. (2002) - Sea-level variations and the quality of the continental fossil record - Journal of the Geological Society of London, 159: 489-491. [PDF]
  • Fara E. , Ouja M., Buffetaut E. & Srarfi D. (2002) - First occurrences of thalattosuchian crocodiles in the Middle and Upper Jurassic of Tunisia - Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie, Monatshefte, 2002 (8): 465-476. [PDF]
  • Fara E. (2001) - What are Lazarus taxa? - Geological Journal, 36: 291-303. [PDF]
  • Fara E. & Hungerbühler A. (2000) - "Paleorhinus magnoculus" from the Upper Triassic of Morocco: a juvenile primitive phytosaur (Archosauria) - Comptes-Rendus de l'Académie des Sciences, Paris IIa, 331 (12): 831-836. [PDF]
  • Fara E. & Benton M.J. (2000) - The fossil record of Cretaceous tetrapods - Palaios, 15 (2): 161-165. [PDF]
  • Fara E. (2000) - Diversity of Callovian-Ypresian (Middle Jurassic-Eocene) tetrapod families and selectivity of extinctions at the K/T boundary - Geobios, 33(3): 387-396. [PDF]
Résumés publiés avec comité de lecture

  • Fara, E. & Saraiva, A. (2009) - Stratigraphy and vertebrate diversity of the Santana Formation (Lower Cretaceous, Brazil): two centuries of misappreciation - Journal of Vertebrate Paleontology, 29 (3): 94A.
  • Alroy J., Carrano M., Clyde W., Fara E., Head J., Hunter J., Uhen M. & Whateley R. (2005) - Ecological spectra through the Cretaceous and Cenozoic tetrapod fossil record - Journal of Vertebrate Paleontology, 25 (3): 31A.
  • Zaher H.D., Langer M.C., Fara E., Carvalho, I.S., Arruda, J.T. (2003) - A mais antiga serpente (anilioidea) brasileira: Cretaceo Superior do Grupo Bauru, General Salgado, SP - Paleontologia em Destaque 44: 50-51.
  • Alroy J., Behrensmeyer K., Carrano M., Clyde W., Fara E., Fortelius M., Head J., Hunter J., Uhen M. & Wang X. (2003) - The 5% Project: just how good is the fossil record of tetrapods? - Journal of Vertebrate Paleontology, 23 (3): 29A.
  • Fara E. & Langer M.C. (2000) - Using cladograms for biostratigraphic inferences - Journal of Vertebrate Paleontology, 20 (3): 40A.
Articles de vulgarisation scientifique

  • Fara E. (2006) - A Chapada do Araripe: riqueza e perspectiva paleontológica - Publicaçao Especial da Fundaçao Araripe, Crato, Brésil.
  • Fara E. (2010) Stratigrafia e diversidade dos vertebrados da Formaçao Santana. Geopark Magazine, URCA, Brésil.
Mémoires

  • Fara E. 2011. “ De la Macroevolution à la Macroécologie: analyse multi-échelle de la biodiversité fossile" - Habilitation à Diriger les Recherches (HDR) soutenue le 18 novembre 2011 devant l’Université de Bourgogne [266 pages, en français et en anglais]
  • Fara E. 2001. “ Macroevolutionary patterns and the quality of the fossil record: from data to processes” – Ph. D. (Philosophy Doctorate) soutenu le 20 Septembre 2001 devant l’Université of Bristol [en anglais; 318 pages; 87 figures; 1 CD-Rom]
  • Fara E. 1998. “Les familles de tétrapodes au cours du Crétacé: diversité, paléoécologie, et registre fossile” - Diplôme d’Etudes Approfondies (D.E.A.) soutenu le 25 Juin 1998 devant l’Université de Montpellier II [75 pages]

Travail de terrain lié directement à mes recherches

 

  • Formation Santana (Crétacé Inférieur), État du Ceará, Brésil.
  • Niveaux lutétiens du bassin de Paris.
  • Niveaux mio-pliocènes de l’erg du Djourab, Tchad (org : MPFT).
  • Groupe du Baurú (Crétacé Supérieur), État de São Paulo, Brésil.

 

 

Participation à d’autres travaux de recherche sur le terrain


  • Dépôts continentaux de l’éocène de l’Hammada du Drâa, Algérie (org: M. Adaci, R. Tabuce, M. Maboubi, M. Mebrouk)
  • Dépôts plio-pléistocènes à Hominidés de la basse vallée de l'Omo, Ethiopie (org: JR Boisserie, mission OGRE)
  • Niveaux du Miocène supérieur de la vallée de l’Axios, Macédoine, Grèce (org: L. De Bonis)
  • Dépôts continentaux mésozoïques de la région de Krabi, Thaïlande (org: E. Buffetaut & V. Suteethorn)
  • Dépôts du Jurassique Supérieur et Crétacé Inférieur de la région de Tataouine, Tunisie (org: M. Ouaja & E. Buffetaut)
  • Calcaires lithographiques de Cerin (Ain) & Marnes toarciennes de Belmont (Rhône)

 


ENSEIGNEMENT

 

Enseignements dans le cadre des fonctions de Maître de Conférences

 

 

* Années: depuis janvier 2006

 

* Lieu: Université de Bourgogne à Dijon

 

* Niveaux : Licence 1, Licence 3, Master 1, Master 2, Prépa. CAPES, Prépa. Agrégation, Formation continue des enseignants du secondaire (académie de Dijon)

 

* Contenu: Paléontologie, Géodynamique, Ecologie, Macroécologie, Evolution, Biologie du développement, leçons et entretiens scientifiques de géologie et biologie en prépa Capes/Agreg.

 

Enseignements antérieurs


* Années: 1999-2006

* Lieux: Université de Bristol (Angleterre), Université de Mahasarakham (Thaïlande), Universidade Federal do Pernambuco, Recife (Brésil), Université de Clermont-Ferrand, Université Montpellier II, EPHE de Montpellier, Université de Poitiers.

* Niveaux: Licence 1, 2 et 3, Master 1 et 2, Prépa. CAPES /Agrégation.

* Contenu: Paléontologie systématique, Evolution, Géosciences environnementales, Géologie, Paléocéanographie, Génétique des populations, Bases de données.


DIFFUSION DES CONNAISSANCES

 

Conférences récentes

 

Conférence "Les grandes extinctions dans l'Histoire de la Vie" dans le cadre de la 3ème édition de Paléo'Mania organisée par l'Arche des Métiers (CCSTI de l'Ardèche) à la Voulte-sur-Rhône (24 mai 2012)

 

Conférence-Débat sur l'extinction des espèces et l'avenir de la biodiversité dans le cadre des "Ecrans du Planétarium" organisés par la Mission Culture Scientifique de l'Université de Bourgogne. Planétarium de Dijon (16 février 2012)

 

Conférence "The Santana Formation: an insight into the biodiversity of the Cretaceous" et table ronde dans le cadre du Master international Biosciences ("European Course of Palaeontology") de l'Ecole Normale Supérieure de Lyon (7 février 2012)

 

Conférence "Les grandes extinctions dans l'Histoire de la Vie" au Planétarium de Dijon dans le cadre de l'exposition "Un T-rex dans la Ville" organisée par la SMPD (29 septembre 2011)

 

Conférence "Structure and Evolution of animal communities in the fossil record" et table ronde dans le cadre du Master international Biosciences ("European Course of Palaeontology") de l'Ecole Normale Supérieure de Lyon (4 février 2011).

 

Conférence "Les grandes extinctions" dans le cadre des manifestations de l'association CRISTAL, Varrennes sur Seine (28 janvier 2011)

 

Séminaire de l'UMR 5125 PEPS de l'Université Lyon 1: " Etudes quantitatives de la diversité et de la structure des assemblages fossiles, prémices aux analyses macroécologiques" (13 décembre 2010)

 

Conférence au Collège de France, Paris: "Reconstruction des environnements des premiers hominidés: apports des analyses fauniques" (27 mai 2010)

 

Conférence "Les fossiles, témoins de l'évolution" lors des célébrations de l'année Darwin à la Société de Minéralogie et Paléontologie Dijonnaise (décembre 2009).

 

Conférence "Darwin et la théorie de l'évolution: une révolution!" lors des célébrations de l'année Darwin au Collège Monge de Beaune (Côte-d'Or) (20 novembre 2009)

 

Conférence "Les grandes extintions" lors des Journées Nature au centre ISLEA d'Avermes, Auvergne (24 avril 2009).

 

Conférence "Quand les fossiles racontent l’origine de l’humanité: il y a du neuf chez les petits vieux !" au Lycée International Charles de Gaulle de Dijon (18 mars 2009).

 

Conférence "l'évolution de la biodiversité: le grand récit des fossiles" au Centre de Conférence International de Cluny, ENSAM (21 octobre 2008).

 

Conférence "l’évolution de la biodiversité et les grandes extinctions" au centre EDEN de Cuisery, Saône-et-Loire (24 mai 2008).


Conférence sur la biodiversité de la formation Santana (Crétacé Inférieur, Brésil) à la Société de Minéralogie et Paléontologie Dijonnaise (4 mars 2008)


Conférence sur l’évolution de la biodiversité et les grandes extinctions dans le cadre du cycle de conférences « L’évolution, le grand récit du vivant », La Cité des Sciences, Paris (19 juin 2007). Conférence téléchargeable.


Cycles de conférences intitulé « Recent Advances and Methods in Palaeobiology » à l’Université de Mahasarakham, Thaïlande (juin 2004)

 

Animations, documents et expositions

 

Participations annuelles aux manifestations « Fêtes de la Science ». Création de posters et d’ateliers.


Participation au film docu-fiction « Toumaï, le nouvel ancêtre », réalisé par Pierre Stine (Gédéon Programmes). Coproduction France Télévision-BBC-NHK-TSR-RTB. Réalisation P. Stine. Diffusé le 7 mars 2006 en prime time sur France 2.


Conception et animation d’une journée d’ateliers pédagogiques sur l’étude des fossiles dans les classes CP-CE2 de l’école primaire de Bisel, Haut-Rhin [2005].


Co-organisateur de l’exposition "Ciências da Terra, Ciências da Vida - Chapada do Araripe", São Paulo, Brésil [30 août-31 octobre 2004] et conseiller scientifique du catalogue de l’exposition "Ciências da Terra, Ciências da Vida - Chapada do Araripe", São Paulo, Brésil, Edition Fundação A.A. Penteado/MAB/FAAP, 2004).


Visites guidées et animations d’ateliers scolaires pour l’exposition “300 millions d’années en Languedoc, reptiles et dinosaures’. Institut de Botanique de Montpellier et Université Montpellier II. (2001-2002)

 


RESPONSABILITES


Responsabilités scientifiques

 

  • Membre élu du Conseil de l'UMR CNRS/uB 6282 Biogéosciences
  • Membre nommé du Comité de Direction de l'UMR CNRS/uB 6282 Biogéosciences
  • Membre élu de la Commission de la Recherche de l'UFR SVTE, Université de Bourgogne.
  • Coordinateur de l'axe "Macroécologie" de l'équipe "BioME" du laboratoire Biogéosciences (contrat 2012-2015)
  • Membre élu du bureau de commission de proposition de l'UFR SVTE, Université de Bourgogne (2008-2011).
  • Depuis 1999, encadrement et co-encadrement des projets scientifiques en thèse (2 étudiants), en Master 2 Recherche (7 étudiants), et en Master 1 Recherche (15 étudiants).
  • Membre du jury pour les concours n°115 BAP C d’accès au corps des Ingénieurs d’Etudes du CNRS (septembre-octobre 2007), Biogéosciences, Université de Bourgogne; pour les concours MCF n°0304 et MCF n°0560, IPHEP, Université de Poitiers (mai 2009); MCF Chaire d'Excellence n°0235, Biogéosciences, Université de Bourgogne (mai-juin 2010).
  • Membre actif du Paleobiology Database Project (Vertebrate Working Group) depuis 2001.
  • Conseiller scientifique du "Palaeontological Research and Education Centre", Mahasarakham University, Thaïlande.
  • Conseiller scientifique de la Fundação Araripe, Crato, Ceará, Brésil
  • Co-organisateur de la "First International Conference on Palaeontology of Southeast Asia" (27-30 Octobre 2003), Mahasarakham, Thaïlande.
  • Membre du comité d'organisation du 8th International Symposium Cephalopods - Present and Past (30 aout-3 septembre 2010), Dijon, France.

Responsabilités pédagogiques


  • Responsable du Master 2 Géobiosphère de l'Université de Bourgogne (à partir de septembre 2012)
  • Responsable d'Unités d'Enseignement de géologie du Master Enseigner les SVT de l'Université de Bourgogne (depuis 2010).
  • Coordinateur (avec Pierre Pellenard et Laurent Pichon) du projet « Réussir en Licence à l’Université de Bourgogne » et porteur du projet « Aide à la méthodologie du travail universitaire » (depuis avril 2008).
  • Membre de la Commission des Relations Internationales pour l'UFR SVTE (depuis octobre 2011).
  • Responsable de la Commission de la Pédagogie de l’UFR des Sciences de la Terre et de l’Environnement, Université de Bourgogne de 2007 à 2009.
  • Responsable pédagogique de la préparation au CAPES externe de SVT (partie géologie) de l’Université de Bourgogne.
  • Responsable des enseignements de paléontologie du Master 2 Géobiosphère de l'Université de Bourgogne (2006-2008 et depuis sept. 2010).
  • Responsable des Travaux Pratiques de paléontologie en Licence 1 (mention Sciences de la Vie et de la Terre) (2006 et 2007).
  • Membre de l’équipe pédagogique du Master 2 PPP (Paléontologie, Phylogénie & Paléobiologie), Universités Monpellier II – Poitiers - Rennes I (2005-2009).

CURSUS UNIVERSITAIRE

 

2011: Habilitation à Diriger les Recherches (HDR), Université de Bourgogne.

2006 : Maître de Conférences (section 36 du CNU) à l’Université de Bourgogne.

2003 – 2005: Post-doctorat CNRS (SDV) à l’UMR 6046, Université de Poitiers.

2003 (juil. – sept.): Chercheur visitant à l'Universidade Regional do Cariri –URCA (Brésil).

2002 - 2003: ATER à l’Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand.

2001 - 2002: Post-doctorat à l’ISEM, Université Montpellier II et Enseignant-Chercheur semestriel à l’université de Mahasarakham (Thaïlande).

1998-2001: Ph.D. de Paléobiologie, University of Bristol (Angleterre)

Titre: “Macroevolutionary patterns and the quality of the fossil record: from data to processes”, Direction: Pr. Michael. J. Benton

1998: DEA de Paléontologie, Université Montpellier II.

1997: [Service National]

1995-1996: Licence et Maîtrise de Sciences Naturelles, Université Lyon I.

 

Conférence "Darwin et la théorie de l'évolution: une révolution!" lors des célébrations de l'année Darwin au Collège Monge de Beaune (Côte-d'Or) (20 novembre 2009)

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