Emilie Arnoux

Doctorante en 2^e année

Bureau 307 - Aile nord au fond du couloir, Bâtiment Gabriel

Equipe Ecologie Evolutive

UMR CNRS 5561 - Biogéosciences

6 boulevard Gabriel

21000 DIJON

03 80 39 91 57

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Sujet de thèse : Conservation de l'avifaune endémique de Guadeloupe : Bases communautaire et populationnelle.

Etude de la population de Grive à Pieds Jaunes (Turdus lherminieri), espèce endémique de 4 îles de Petites Antilles (Guadeloupe, Dominique, Sainte-Lucie et Montserrat).

La biodiversité d’Outre-mer contribue plus que celle de la métropole au patrimoine naturel français, d’autant qu’elle se conjugue souvent à un niveau important d’endémisme. De manière intrinsèque, les espèces endémiques se caractérisent par de petites populations et des aires de répartition géographique restreintes, causes d’une fragilité structurelle qui les exposent d’avantage aux risques d’extinction d’origine naturelle ou anthropique (Gaston 1998, Beissinger 2000, Pimm et al. 2006). Les oiseaux de Guadeloupe illustrent parfaitement cette configuration. En effet, 15 espèces sont endémiques de cette île ou des Petites Antilles, et le statut que leur confère l’UICN (Union International pour la Conservation de la Nature) varie de "préoccupant" au mieux, à "vulnérable" pour le cas problématique de la Grive à pieds jaunes Cichlerminia iherminieri. Cependant les connaissances restent très fragmentaires quant à la répartition des effectifs sur l’île. La Guadeloupe hébergerait les principales populations de 5 d’entre-elles, et pour la Grive à pieds jaunes, elle serait l’une des deux îles (parmi 4 au total) à abriter des effectifs notables. Ceci souligne la responsabilité de ce territoire en matière de conservation, mais la méconnaissance des profils d’abondance et de distribution empêche de juger la pertinence du dispositif actuel d’aires protégées pour sécuriser des populations viables des oiseaux endémiques des Petites Antilles. De plus, la diversité des menaces encourues reste très mal connue.

Dans ce contexte, le projet de thèse recoupe deux objectifs.

1. Estimer les effectifs et les distributions des oiseaux endémiques des Petites Antilles sur le territoire guadeloupéen. Cette approche communautaire permettra notamment d’identifier les habitats à forte potentialité d’accueil et la pertinence des secteurs protégés en regard des distributions et abondances locales.

2. Explorer le fonctionnement et la structuration des populations de Grive à pieds jaunes à différentes échelles spatiales ainsi que certaines interactions écologiques (parasitisme et compétition) pouvant participer à la précarisation de son statut.

Ces objectifs répondent à une demande des instances impliquées dans la conservation (DIREN, Parc National de Guadeloupe, ONCFS) en termes d’acquisition de connaissances opérationnelles et fondamentales, et permettent d’appréhender le degré d’isolement et de fragmentation de populations insulaires à statut vulnérable, ainsi que le risque potentiel de certaines interactions interspécifiques sur les équilibres démographiques.

Mots clés

biodiversité ; conservation ; endémisme ; parasite ; compétition ; Cichlerminia iherminieri

Compétences acquises:

- Génétique des populations

- Etude spatiale, estimation des domaines vitaux avec ArcGIS

- Parasitologie (Identification et quantification par biologie moléculaire)

- Suivi par radio-pistage

Thèmes de recherche (Ingénieur d'études pendant 3 ans)

• Sénescence chez le diamant mandarin, Taenopygia guttata
• Compromis d'allocations des ressources (caroténoïdes) entre les caractères sexuels secondaires et le système antioxydant.
• Effets des conditions précoces sur les traits d'histoire de vie chez le diamant mandarin, Taenopygia guttata.
• Héritabilité des défenses antioxydantes ches les mésanges.

Thèmes de recherches abordés

• Investissement maternel dans les oeufs : Mécanisme de compensation de l'asynchronie d'éclosion chez la tourterelle turque, Streptopelia decaocto.
• Effet de l'environnement sur la survie des poussins de tourterelle turque.
• Activation du système immunitaire : effet sur la couleur des yeux des pigeons
• Prédation non-spécifique chez le gammare, Gammarus pulex, parasité par deux acantocéphales, Pomphorynchus laevis et Polymorphus minutus.
• Etude de l'alimentation du singe-écureuil de Bolivie, Saimiri boliviensis, pendant la période de reproduction.

Collaborations

• Etude des peptides antimicrobiens dans les sécrétions de la peau de la rainette verte, Université Claude Bernard Lyon 1 (69)
• Etude de l'impact des métaux lourds sur le système immunitaire du merle noir, Turdus merula, Université de Besançon (25)
• Sénescence et longévité chez les albatros Centre biologique de Chizé.

Publications

• Cote J., Arnoux E., Sorci G. and Faivre B. 2010. Age-dependent allocation of carotenoids to coloration versus antioxidant defences. Journal of Experimental Biology. 213: 271-277

• Lecomte V., Sorci G., Cornet S., Jaeger A., Faivre B., Arnoux E., Gaillard M., Trouvé C., Besson D., Chastel O., and H. Weimerskirsch. 2010 Patterns of aging in the long-lived wandering albatross. National Academy of Sciences of the USA (PNAS), 107(14):6370-6375

• Belloni V., Faivre B., Guerreiro R., Arnoux E., Bellenger J. and Sorci G. 2010. Suppressing an Anti-Inflammatory Cytokine Reveals a Strong Age-Dependent Survival Cost in Mice. Plos Biology

Posters

• Arnoux E., Thomas A., Eraud C., Garnier S., Levesque A. And B. Faivre. Morphological differentiation at a small scale in an endangered species: The Forest thrush in a Guadeloupe island. Poster EOU conference Riga 2011.

• Scheifler R., Fritsch C., Arnoux E., Coeurdassier M., Raoul F., Giraudoux P., Chastel O., Douay F., de Vaufleury A. and Faivre B. Accumulation and effects of Cd, Pb and Zn in blackbirds (Turdus merula) along a heavy metal pollution gradient. Poster SETAC Europe Göteborg 2009.

Présentations orales

• Eraud C., Arnoux E., Gaillard M. and Faivre B. Eye colouration reflects current immune status in feral pigeons, ISBE, Tours, France 2006
• Arnoux E., Eraud C. and Faivre B. Maternel investment in eggs : Mechanism of compensation of hatching asynchrony in collared doves Streptopelia decaocto, PPD, Lille, France, 2006

Techniques de laboratoire

• Chromatographie haute performance liquide (caroténoïdes, ptéridines)
• Spectrométrie : quantification de la capacité antioxydante totale, de la superoxyde dismutase, de l'oxyde nitrique, de la péroxydation des lipides, des caroténoïdes, de l'haptoglobine, des lysozymes et des peptides.
• Microbiologie : Mesure de l'inhibition bactérienne par des peptides antimicrobiens sur agarose
• Génétique : Sexage moléculaire sur du sang et des tissus
• Quantification d'hormones par dosage radio-immunologique.

Techniques sur le site de Bretenières et sur le terrain

• Responsable du site avec Aude Balourdet
• Entretien, nourrissage, gestion des stocks, commande
• Mesures biométriques de oiseaux : tarse, masse, aile
• Prise de sang sur la veine alaire
• Frottis sanguins
• Capture d'oiseaux avec des filets maillants
• Pose de radio-émetteurs
• Suivi des oiseaux par radio-émission
• Suivi de la reproduction des mésanges en forêt

Stages

• PCR en temps réel
• HPLC et UPLC
• Expérimentation animale niveau 1
• Evaluation des risques chimiques
• Utilisation des gaz

Formations

• 2004 - 2005 : Master en biologie des organismes et des populations
• 2000- 2003 : Licence en biologie cellulaire et physiologie
• 2000 : Baccalauréat scientifique