CURSUS ACADÉMIQUE
Depuis octobre 2017 : Maitre de conférences Université Bourgogne Franche-Comté – Laboratoire Biogéosciences, Dijon, France
2017 : Postdoctorat, Institut de Systématique, Évolution et Biodiversité, UMR CNRS-MNHN-EPHE-UPMC et Department of Biosciences, Biotechnology and Biopharmaceutics, Université de Bari (Italie)
• Écologie urbaine et génomique des populations chez une espèce de fourmis forestière
Collaborateurs : Claudie Doums (DE EPHE, ISYEB, Paris) et Stefano Mona (MCF EPHE, ISYEB, Paris détaché au Department of Biosciences, Biotechnology and Biopharmaceutics, Bari, Italie)
2013-2016 : Post-doctorat (2 ans) et Attachée Temporaire d’Enseignement et de Recherche (1 an ; poste complet), Laboratoire Biogéosciences, UMR CNRS-Université de Bourgogne-Franche Comté, Dijon, France.
• Conséquences de la fragmentation de l’habitat forestier sur la diversité et la structuration génétique neutre et fonctionnelle des populations d’oiseaux des Caraïbes.
Collaborateurs : Stéphane Garnier et Bruno Faivre (MCF, Biogéosciences, Dijon)
2013 : Assistant Ingénieur (3 mois), Laboratoire Évolution et Diversité Biologique UMR CNRS-Université Toulouse III
• Étude de la dynamique de pollinisation d’une communauté végétale à travers une approche de séquençage haut débit des charges polliniques portées par les insectes pollinisateurs.
2008–2012 : Doctorat – Monitrice d’enseignement (3ans) et Attachée Temporaire d’Enseignement et de Recherche (1 an ; demi-poste), Laboratoire Évolution et Diversité Biologique UMR CNRS-Université Toulouse III.
• Histoire évolutive, contexte spatial et écologique de la divergence de deux sous-espèces d’Antirrhinum majus
Directeurs: Monique Burrus (MCF, Évolution et Diversité Biologique, Toulouse) et Christophe Andalo (MCF, Évolution et Diversité Biologique, Toulouse).
ACTIVITÉS DE RECHERCHE
Mes intérêts de recherche portent sur l’application d’outils de génétique moléculaire, en lien avec des approches de génétique/génomique des populations et de génétique du paysage, pour l’étude de l’écologie et l’évolution des populations naturelles en environnements naturels et anthropisés.
Mots clés : Génétique et Génomique de la conservation ; Modifications anthropiques du paysage ; Fragmentation des habitats ; Urbanisation ; Génétique et Génomique du paysage ; RAD-Seq ; Oiseaux
PROBLÉMATIQUES ACTUELLES
• Conséquences de l’urbanisation sur la différenciation morphologique et génétique
En collaboration avec Claudie Doums et Stefano Mona (ISYEB, MNHN, EPHE)
La sélection naturelle et la dérive génétique sont les deux forces principales généralement considérées dans la mise en place de la différenciation morphologique des populations. Lorsque les populations sont soumises à de fortes variations climatiques (le long de gradients latitudinaux ou altitudinaux par exemple) ou à de nouvelles conditions environnementales liées à l’urbanisation, les pressions de sélection engendrées peuvent générer de l’adaptation locale, même en présence de flux de gènes importants. La comparaison de la différentiation génétique et de la différentiation morphologique des populations chez la fourmi européenne Temnothorax nylanderi, permet d’évaluer l’importance relative de l’histoire des populations (processus neutres) et de l’adaptation locale dans la différenciation des populations. Dans ce cadre, l’analyse de données génomiques (RadSeq) permet d’évaluer les potentialités adaptatives des populations en lien avec l’urbanisation.
• Réponse génétique de populations d’oiseaux à la fragmentation de la forêt tropicale
En collaboration avec Stéphane Garnier (coordinateur du Projet ERANET-Netbiome FRAG&BINV) et Bruno Faivre
La fragmentation des habitats est l’une des principales menaces pour la biodiversité, pouvant entrainer des changements de structuration génétique des populations, avec des conséquences ultimes sur potentiel évolutif des espèces. Néanmoins, la fragmentation n’a pas le même impact sur toutes les espèces et identifier les traits écologiques des espèces qui sont liés à leur sensibilité à la fragmentation pourrait aider à prioriser les efforts de conservation. Dans ce contexte, nous avons mené des analyses de génétique des populations et de génétique du paysage sur plusieurs espèces d’oiseaux forestiers dans les Antilles, afin de déterminer:
1) Comment la modification et la fragmentation des habitats affectent la diversité et la structuration génétique intra-spécifique,
2) Quels traits écologiques des espèces sont associés à leur sensibilité à la fragmentation.
EXPÉRIENCES ANTÉRIEURES
Étude des processus évolutifs et écologiques qui conduisent à la divergence des populations et, à terme, à la spéciation. Ces travaux intègrent les différentes composantes de la spéciation – isolement écologique, spatial et reproducteur – dans un cadre temporel, afin de mieux comprendre leur dynamique d’interaction au cours du temps. J’ai étudié la divergence en cours de deux sous-espèces de Muflier, Antirrhinum majus pseudomajus et A. m. striatum en combinant différentes approches de génétique des populations et de modélisation de niches écologiques.
• Introgression génétique et mouvements d’aires de distribution
En collaboration avec Christophe Andalo, Monique Burrus, Christophe Thébaud et Benoit Pujol (EDB, Toulouse)
Étudier les processus d’expansion d’aires géographiques dans les zones de contact est important pour prédire l’évolution des espèces et de leur diversité génétique. La distribution géographique des discordances cyto-nucléaires reflète souvent les patrons d’introgression génétique à travers l’aire de répartition de l’espèce, témoignant ainsi d’un isolement reproducteur incomplet. L’étude de différents marqueurs génétiques à l’échelle de l’aire de distribution d’A. majus a révélé des évènements d’introgression, témoignant de flux de gènes récurrents entre les deux sous-espèces. Nos travaux ont montré que l’introgression génétique entre les deux sous-espèces est asymétrique à une l’échelle locale et orientée dans des directions opposées à chaque extrémité de la zone de contact. Ce résultat suggère des gradients d’expansion asymétriques des deux sous-espèces et dans des directions opposées aux deux extrémités de la zone de contact.
• Niches environnementales et distributions parapatriques
En collaboration avec Josselin Cornuault, Christophe Andalo, Monique Burrus, Christophe Thébaud et Benoit Pujol (EDB, Toulouse)
Les espèces proches occupent souvent des distributions parapatriques et identifier les facteurs qui maintiennent de telles distributions géographiques en présence de flux de gènes permet d’inférer les mécanismes à l’origine de leur divergence. L’objectif de cette étude était de déterminer le rôle des facteurs environnementaux dans le maintien de la parapatrie A. m. pseudomajus et A. m. striatum. Nous avons testé si les deux sous-espèces occupent des niches environnementales plus (divergence) ou moins (conservatisme) différentes, compte tenu des conditions environnementales disponibles dans les aires géographique distinctes qu’elles occupent. Nous avons reconstruit les niches environnementales des deux sous-espèces, testé les hypothèses de divergence/conservatisme de niche et divergence et prédit, sur la base des facteurs environnementaux, la coexistence des deux sous-espèces dans les zones de contact. Nos travaux ont montré que si la divergence de niche peut être à l’origine de la distribution parapatrique des deux sous-espèces, elle ne semble pas expliquer son maintien. D’autres processus écologiques, tels que la compétition entre les deux sous-espèces, semblent donc impliqués.
PUBLICATIONS
Pérez-Rodríguez A, Khimoun A, Ollivier A, Eraud C, Faivre B, Garnier S (In press) Habitat fragmentation, but not habitat loss affects avian malaria in a Caribbean passerine. Ecography, https://doi.org/10.1111/ecog.03189
Khimoun A, Peterman W, Eraud C, Faivre B, Navarro N, Garnier S (2017) Landscape genetic analyses reveal fine-scale effects of forest fragmentation on gene flow in an insular tropical bird. Molecular Ecology, 26:4906-4919
Khimoun A, Ollivier A, Faivre B, Garnier S (2017) Level of genetic differentiation affects relative performances of EST- and genomic SSRs Molecular Ecology Resources, 17: 893-903
Khimoun A , Eraud C, Arnoux E, Rocheteau V, Bely M, Lefol E, Delpuech M, Carpentier M-L, Leblond G, Levesque A, Charbonnel A, Faivre B, Garnier S (2016) Habitat specialization predicts genetic response to fragmentation in tropical birds. Molecular Ecology, 25: 3831–3844
Khimoun A, Arnoux E, Martel G, Pot A, Eraud C, Condé B, Loubon M, Théron F, Covas R, Faivre B, Garnier S (2016) Contrasted patterns of genetic differentiation across eight bird species in the Lesser Antilles. Genetica, 144: 125–138
Bailly J, Garnier S, Khimoun A, Arnoux E, Eraud C, Goret J-Y, Luglia T, Gaucher P, Faivre B (2016) Reduced inflammation in expanding populations of a neotropical bird species. Ecology and Evolution, 2016, 6: 7511-7521
Pornon A, Escaravage N, Burrus M, Holota H, Khimoun A, Mariette J, Pellizzari C, Iribar A, Etienne R, Taberlet P, Vidal M, Winterton P, Zinger L, Andalo C (2016) Using metabarcoding to reveal and quantify plant-pollinator interactions. Scientific Reports, 6: 27282
Cornuault J, Khimoun A, Cuneo P, Besnard G (2015) Spatial segregation and realized niche shift during the parallel invasion of two Olive subspecies in south-eastern Australia. Journal of Biogeography, 42: 1930–1941
Cornuault J*, Khimoun A*, Harrigan RJ, Bourgeois YXC, Milá B, Thébaud C, Heeb P. (2013) The role of ecology in the geographical separation of blood parasites infecting an insular bird. Journal of Biogeography, 40:1313–1323 * Equal contributions
Khimoun A*, Cornuault J*, Burrus M, Pujol B, Thébaud C and Andalo C (2012) Ecology predicts parapatric distributions in two closely related Antirrhinum majus subspecies. Evolutionary Ecology, 27:51–64 * Equal contributions
Khimoun A, Burrus M, Andalo C, Liu Z-L, Vicedo-Cazettes C, Thébaud C and Pujol B (2011) Locally asymmetric introgressions between subspecies suggest circular range expansion at the Antirrhinum majus global scale. Journal of Evolutionary Biology, 24: 1433–1441
ACTIVITÉS D’ENSEIGNEMENT
• Licence
L1 – Biostatistiques (TD)
L2 – Introduction à la génétique des populations (CM/TD/TP)
L2 – Ecologie (TD/TP terrain)
L3 – Projet tuteuré
• Master
M1- Génétique des populations (CM/TD/TP)