Ce microscope électronique à balayage à filament tungstène est équipé de détecteurs d’électrons rétrodiffusés et d’électrons secondaires. Son grandissement maximal attendu est d’environ × 100 000. Le prétraitement ou non par métallisation (Or ou Carbone) et le dispositif de faible pression (« low vacuum » = 1 à 100 Pa) autorisent des observations sur une large gamme d’échantillons avec un maximum de performance.

Enfin, la sonde EDS couplée au MEB permet l’analyse chimique d’éléments en grande quantité (éléments majeurs) ou en traces. Du Bore à l’Uranium, la gamme d’analyse concerne la détection ponctuelle ou de surfaces (ligne, cartographie de zones).

 

Applications scientifiques :

– Thématique des Géosystèmes actuels et anciens : caractérisation des structures dites « bioconstructions » , par exemple les microbialites, encroûtrements algaires, etc. ; dépôts cristallins de précipitation ou de reprécipitation, par exemple les structures diagénétiques, spéléothèmes, etc.

– Thématique de la Biominéralisation : caractérisation des structures minérales associées à la présence des molécules organiques, exemple bioconstructions actuelles

– Thématique de la Matière Organique dans les biogéosystèmes: caractérisation des structures agrégées organo-minérales dans les sols et les sédiments actuels et anciens; relations à la présence d’éléments chimiques – traceurs environnementaux (ETM)

Ce microscope électronique à balayage à filament tungstène est équipé de détecteurs d’électrons rétrodiffusés, d’électrons secondaires et de cathodoluminescence. Son grandissement maximal attendu est d’environ ×100 000. Les échantillons peuvent être observés à très faible, moyenne et forte pression d’où l’observation d’une large gamme de type d’échantillons ne nécessitant pas de prétraitement par métallisation. Enfin, la sonde EDX couplée au MEB réalisent des analyses chimiques du Bore à l’Uranium, la gamme d’analyse concernant la détection ponctuelle ou de surfaces (ligne, cartographie de zones).

 

Applications scientifiques :

– Thématique des Géosystèmes actuels et anciens: caractérisation des structures dites « bioconstructions » , exemple les microbialites, encroûtrements alguaires, … . dépôts cristallins de précipitation ou de reprécipitation, exemple structures diagénétiques, spéléothèmes, … .

– Thématique de la Biominéralisation : caractérisation des structures minérales associées à la présence des molécules organiques, exemple bioconstructions actuelles

Ce microtomographe à rayons X compact de bureau est équipé d’une source scellée (20-50 kV, 0-800µA, 40W max), d’une caméra numérique (aire scannée : 652×512 / 1304×1024 pixels, résolution : 6-30 µm), couplé à un PC (Dell Precision T3610) contenant la suite logicielle Bruker (logiciels SkyScan1174, NRecon, DataViewer, CTAn, CTvol).

 

Applications scientifiques :

– Thématique de Morphométrie : caractérisation des structures d’organismes biologiques (actuels ou fossiles)

– Étude de l’évolution et de la diversité des phénotypes (aspect morphologique) via :

• l’imagerie 3D non destructrice de petits objets (max ~5cm) peu denses (ex : os, échantillons faiblement minéralisés)
• la caractérisation et quantification géométrique des structures internes (morphométrie 3D)
• Virtualisation des collections (projet Ecol+)

Ce microtomographe à rayons X équipé d’une source scellée (40-150 kV, 500 μA, 75 W), d’une caméra numérique (capteur plan en silicium amorphe – aire scannée : 1924×1536 pixels, résolution : 5 µm), est couplé à un PC contenant le logicielle X-Act et lié à un ordinateur de reconstruction (définition des coupes 1924×1924 p).

Il est équipé d’un passeur d’échantillon pouvant gérer 5 échantillons de tailles différentes. Selon la taille des échantillons, le chargeur peut être configuré de deux façons :
– config. 5 échantillons : taille max : Ø 47,5×160 (h)
– config. 3 échantillons : taille max : Ø 75×160 (h)

 

Applications scientifiques :

– Étude de l’évolution et de la diversité des phénotypes (aspect morphologique) via :
o l’imagerie 3D non destructrice d’objets millimétriques à décimétriques à densités variées (ex : échantillons biologiques, os, fossiles, roches…)
o Virtualisation des collections (projet Ecol+)

Caractéristiques techniques

– Dell Precision T7600
– 2 GPGPU Tesla K20c
– 16 cœurs
– 512 Go RAM

Applications scientifiques

– Photogrammétrie (licence Metashape)
– Segmentation automatique d’images tomographiques (librairie AntsR)

Caractéristiques techniques

Station Avizo :
– Dell Precision T7610
– 64GB RAM
– double carte graphique Quadro K5000
– 2*8 cœurs

Station Slicer :
– Dell Precision 5820
– 128GB RAM
– carte graphique Quadro RTX8000
– 18 cœurs

Applications scientifiques

Traitements d’images tomographiques (segmentation manuelle et semi-automatique)

Caractéristiques techniques

– scanner à lumière structurée + plateau tournant
– 2 caméras couleurs (texture) 12 M pixels
– 3 positions différentes selon la taille de l’objet
– objets scannables : qq cm à ~20 cm

Applications scientifiques

– imagerie 3D surfacique d’objets naturels pour l’étude de l’évolution et de la diversité des phénotypes (aspect morphologique)
– Virtualisation des collections (projet Ecol+)

Caractéristiques techniques :

– scanner à lumière structurée + plateau tournant
– 2 caméras NB (géométrie) 1.3 Mpixels + 1 caméra couleur (texture)
– objets scannables : qq cm (plateau tournant) à ~1 m (scan manuel)

Applications scientifiques

– imagerie 3D surfacique d’objets naturels pour l’étude de l’évolution et de la diversité des phénotypes (aspect morphologique)
– Virtualisation des collections (projet Ecol+)

Caractéristiques

– scanner à lumière structurée portatif
– 2 caméras couleurs (texture) 1.3 M pixels
– objets scannables : > 10 cm

Applications scientifiques

– imagerie 3D surfacique d’objets naturels pour l’étude de l’évolution et de la diversité des phénotypes (aspect morphologique)
– Virtualisation des collections (projet Ecol+)

– scanner à lumière structurée de bureau
– bras robotisé
– 1 caméra NB (géométrie) 6.4 M pixels + filtres RGB (texture)
– objets scannables : 1-5 cm

Applications scientifiques

– imagerie 3D surfacique d’objets naturels pour l’étude de l’évolution et de la diversité des phénotypes (aspect morphologique)
– Virtualisation des collections (projet Ecol+)

– têtes bino et microscope à différents grossissements
– précision : 1 µm
– caméra Nikon 5Mp
– objets mesurables : < 5cm

Applications scientifiques

Mesures morphométriques 2D de petits objets

Cet appareil permet de mesurer les angles verticaux, horizontaux et les distances. Cet outil, couplé à des points géoréférencés en amont et en aval de la zone de travail, peut être utilisé pour obtenir des relevés et permettre d’établir des plans.

Caractéristiques techniques

– appareil photo Sony DSC-RX100 III
– perche 3m carbone
– tablette SAMSUNG Galaxy Tab S5e

Applications scientifiques

Imagerie 3D par photogrammétrie d’empreintes et de pistes d’empreintes

Les études menées sur ce secteur se déroulent dans le service commun SC2B et bénéficient ainsi de tout le matériel disponible dédié à la biologie moléculaire.

Ce secteur est dédié à l’écologie moléculaire et la génétique des populations pour évaluer la diversité et la structuration génétique des populations. Il s’intéresse également à la génétique du paysage pour évaluer la connectivité des populations et l’identification des barrières aux flux de gènes.

Cette caractérisation génétique s’obtient via des approches de biologie moléculaire, de génétique des populations et du paysage qui viennent compléter la caractérisation morphologique et isotopique. De plus, la caractérisation des flux génétiques va enrichir la cartographie isotopique des flux migratoires, à petite échelle spatiale.

Caractéristiques techniques

– appareil photo Sony DSC-RX100 III
– perche 3 m carbone
– tablette SAMSUNG Galaxy Tab S5e

Applications scientifiques

Imagerie 3D par photogrammétrie d’empreintes et de pistes d’empreintes

–    Appareils photo
–    Loupes binoculaires
–    Microscopes polarisants  NIKON Eclipse E200
–    Pistolet RX
–    LIDAR
–    Appareils photo
–    Banc photo