Codakine : une lectine de type c du mollusque symbiotique Odakia orbicularis, études structurale et d’affinité

Jean-Philippe Gourdine, Université des Antilles et de la Guyane, Campus de Schoelcher, Martinique

mardi 25 mars 2008, à 13 heures 30, amphithéâtre Monge

Codakia orbicularis est un bivalve retrouvé dans les sédiments sableux de phanérogames du type Thalassia testudinum des côtes du Sud des États-Unis jusqu’au Brésil en passant par les côtes des îles des Caraïbes. Ce mollusque abrite dans ses branchies des bactéries endosymbiotiques chimioautotrophes sulfo-oxydantes qui lui permettent de vivre dans un milieu à forte teneur en sulfure d’hydrogène. Pour mieux appréhender la biologie de cet organisme, nous nous sommes intéressés aux protéines branchiales et particulièrement à la protéine abondante de 14 kDa (monomère) que nous avons nommée la codakine.
Par l’utilisation de techniques variées de biologie moléculaire (banque d’ADNc, RACE-PCR), de bioinformatique (BLAST, CLUSTALW, ROSETTA…) et de biochimie (Western blot, dot-blot, chromatographie d’affinité sur colonne de mannose-agarose) les structures primaire, secondaire et tertiaire putatives de la codakine ont été identifiées.
Les résultats indiquent que la codakine est une lectine à mannose de type C dimérique (deux monomères de 14 kDa réunis par des ponts disulfures) présentant des homologies de séquence avec des lectines animales impliquées dans la reconnaissance cellulaire, l’immunité innée et la symbiose (DC-SIGN, Langerin, le récepteur du mannose de macrophage, HIP-PAP…). Au vu de l’ensemble des résultats obtenus, j’ai suggéré au cours de ma thèse (dir. Juliette Smith-Ravin, université Antilles Guyane, Guadeloupe) un double rôle de la codakine dans l’acquisition de bactéries symbiotiques et dans la défense contre les microorganismes pathogènes.
Pour estimer l’affinité de la codakine pour les plusieurs saccharides et confirmer les modèles 3D prédictifs, j’effectue une collaboration postdoctorale avec l’équipe glycobiologie moléculaire du CERMAV-CNRS de Grenoble (dir. Anne Imberty). D’une part, des tests de fixation à des puces à glycanes (Glycan array), d’inhibition d’hémagglutination et des mesures de microcalorimétrie ont été réalisés. D’autre part, la cristallographie aux rayons X a été utilisée pour établir le modèle moléculaire de la codakine. Je présenterai une partie de ces résultats qui confortent et précisent les données générées au cours de ma thèse de doctorat. D’autres expériences sont en cours pour confirmer le rôle dans la reconnaissance cellulaire, l’immunité innée et la symbiose.

Références :

Gourdine J.-P., Markiv A., Smith-Ravin E.J. The three-dimensional structures of codakine and related marine C-type lectins. Fish and Shellfish Immunology, 2007, 23, 831-839. Epub 2007 Mar 24.
Gourdine J.-P., Smith-Ravin E.J. Analysis of a cDNA-derived sequence of a novel mannose-binding lectin, codakine, from the tropical clam Codakia orbicularis. Fish and Shellfish Immunology, 2007, 22, 498-509. Epub 2006 Jul 10.

Gourdine J.-P., P. Greenwell, Smith-Ravin E.J. Application of the recombinant phage display antibody technique to the study of Codakia orbicularis gill proteins. Appl. Biochem. Biotechnol. 2005, 125, 41-52.

Gourdine J-P., Smith-Ravin E. J. Electrophoretic separation of gill proteins of the clam Codakia orbicularis. Prep. Biochem. Biotech. 2002, 32, 341-353.

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Codakine : une lectine de type c du mollusque symbiotique Odakia orbicularis, études structurale et d'affinité

Jean-Philippe Gourdine, Université des Antilles et de la Guyane, Campus de Schoelcher, Martinique

mardi 25 mars 2008, à 13 heures 30, amphithéâtre Monge

Codakia orbicularis est un bivalve retrouvé dans les sédiments sableux de phanérogames du type Thalassia testudinum des côtes du Sud des États-Unis jusqu’au Brésil en passant par les côtes des îles des Caraïbes. Ce mollusque abrite dans ses branchies des bactéries endosymbiotiques chimioautotrophes sulfo-oxydantes qui lui permettent de vivre dans un milieu à forte teneur en sulfure d’hydrogène. Pour mieux appréhender la biologie de cet organisme, nous nous sommes intéressés aux protéines branchiales et particulièrement à la protéine abondante de 14 kDa (monomère) que nous avons nommée la codakine.
Par l’utilisation de techniques variées de biologie moléculaire (banque d’ADNc, RACE-PCR), de bioinformatique (BLAST, CLUSTALW, ROSETTA…) et de biochimie (Western blot, dot-blot, chromatographie d’affinité sur colonne de mannose-agarose) les structures primaire, secondaire et tertiaire putatives de la codakine ont été identifiées.
Les résultats indiquent que la codakine est une lectine à mannose de type C dimérique (deux monomères de 14 kDa réunis par des ponts disulfures) présentant des homologies de séquence avec des lectines animales impliquées dans la reconnaissance cellulaire, l’immunité innée et la symbiose (DC-SIGN, Langerin, le récepteur du mannose de macrophage, HIP-PAP…). Au vu de l’ensemble des résultats obtenus, j’ai suggéré au cours de ma thèse (dir. Juliette Smith-Ravin, université Antilles Guyane, Guadeloupe) un double rôle de la codakine dans l’acquisition de bactéries symbiotiques et dans la défense contre les microorganismes pathogènes.
Pour estimer l’affinité de la codakine pour les plusieurs saccharides et confirmer les modèles 3D prédictifs, j’effectue une collaboration postdoctorale avec l’équipe glycobiologie moléculaire du CERMAV-CNRS de Grenoble (dir. Anne Imberty). D’une part, des tests de fixation à des puces à glycanes (Glycan array), d’inhibition d’hémagglutination et des mesures de microcalorimétrie ont été réalisés. D’autre part, la cristallographie aux rayons X a été utilisée pour établir le modèle moléculaire de la codakine. Je présenterai une partie de ces résultats qui confortent et précisent les données générées au cours de ma thèse de doctorat. D’autres expériences sont en cours pour confirmer le rôle dans la reconnaissance cellulaire, l’immunité innée et la symbiose.

Références :

Gourdine J.-P., Markiv A., Smith-Ravin E.J. The three-dimensional structures of codakine and related marine C-type lectins. Fish and Shellfish Immunology, 2007, 23, 831-839. Epub 2007 Mar 24.
Gourdine J.-P., Smith-Ravin E.J. Analysis of a cDNA-derived sequence of a novel mannose-binding lectin, codakine, from the tropical clam Codakia orbicularis. Fish and Shellfish Immunology, 2007, 22, 498-509. Epub 2006 Jul 10.

Gourdine J.-P., P. Greenwell, Smith-Ravin E.J. Application of the recombinant phage display antibody technique to the study of Codakia orbicularis gill proteins. Appl. Biochem. Biotechnol. 2005, 125, 41-52.

Gourdine J-P., Smith-Ravin E. J. Electrophoretic separation of gill proteins of the clam Codakia orbicularis. Prep. Biochem. Biotech. 2002, 32, 341-353.

extrait:

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titre:

Codakine : une lectine de type c du mollusque symbiotique Odakia orbicularis, études structurale et d'affinité

intervenant:

Jean-Philippe Gourdine

date:

mardi 25 mars 2008