responsables : Rémi Laffont et Nicolas Navarro

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Contacts

remi.laffont@u-bourgogne.fr (03 80 39 63 73)

nicolas.navarro@u-bourgogne.fr (03 80 39 64 48)

Localisation

Aile centrale, 3e étage, salles 307D, 307E, 307F, 307G et 307H

Créé en 2015, le service MorphOptics est un plateau technique situé au sein du laboratoire Biogéosciences de l’université de Bourgogne. Il met à disposition des chercheurs un ensemble d’équipements dédiés à la morphométrie et à l’imagerie 3D, ainsi qu’à la microscopie optique et électronique.

Les équipements présentés ci-dessous sont disponibles (selon certaines règles d’utilisation) pour les membres du laboratoire et les étudiants. Les personnes externes doivent adresser une demande au directeur d’unité, Emmanuel Fara.

Morphométrie et imagerie 3D (salles 307F, 307G et 307H)

3D surfacique

Scanner surfacique Flexscan 3D (version 3.1) : scanner à lumière structurée composé d’un projecteur à lampe DLP, de deux cameras Point Grey Grasshoper 2MP noir et blanc, d’objectifs Fujinon focale fixe 12mm, 25mm, 50mm et focale 18-108mm, ainsi que d’une table tournante micropas motorisée

Pour un exemple de manipulation des fichiers 3D générés, téléchargez ce fichier pdf.

Scanner 3D portatif Einscan-Pro à lumière structurée

Station de photogrammétrie : constituée de 5 appareils photos Nikon (D3200) et d’un plateau tournant motorisé (contrôle via Arduino et digiCamControl)

Micro-tomographie par rayons X

Scanner SkyScan 1174 (Bruker) : appareil de micro-tomographie à rayons X compact de bureau (source : 20-50 kV, 0-800µA, 40W max), contenant une caméra numérique (aire scannée : 652*512 / 1304*1024 pixels, résolution : 6-30µm), couplé à un PC (Dell Precision T3610) contenant la suite logicielle SkyScan (logiciels SkyScan1174, NRecon, DataViewer, CTAn, CTvol)

Autres équipements de morphométrie

Digitaliseur 3D MicroScribe G2X (landmarks 3D)

Microscope mesureur Nikon MM60 (landmarks 2D et morphométrie traditionnelle) + caméra Nikon 5MP

Imagerie 3D

Station d’analyse d’image (Dell Precision T7610 : 64GB RAM, double carte graphique Quadro K5000, 2*8 cœurs) équipée d’une tablette graphique (WACOM Cintiq) et des logiciels ImageJ, Meshlab, R, Avizo

Station de calcul (Dell Precision T7600 : 2 GPGPU Tesla K20c, 16 cœurs) dédié à la segmentation automatique (via les bibliothèques ANTs et ANTsR) ainsi qu’au traitement de photogrammétrie (PhotoScan)

Impression 3D

Imprimante 3D MakerBot Replicator 2

Stockage & archivage

Baie de stockage Dell Precision T7600 24 To

Microscopie électronique (salle 307F)

Microscope Électronique à Balayage Jeol JSM-IT100LA équipé d’une sonde EDS pour la cartographie chimique élémentaire (élément le plus léger détectable : Bore) :

– Grandissement : 5 – 300000x

– Modes de détection d’électrons secondaires et rétrodiffusés

– Tension d’accélération : 500V-20kV

– Images de surfaces : compositions, topographiques, ombrages

– Détecteur de type Everhart-Thornley pour les électrons secondaires

-Détecteur d’électron rétrodiffusés ‘Solid state’

– Détecteur EDS ‘Silicon Drift’ Jeol

Métalliseurs carbone et or

Microscope Électronique à Balayage de paillasse Hitachi TM1000 :

– Grandissement : 20 – 10000x

– Modes de détection d’électrons rétrodiffusés

– Tension d’accélération : 15KV

– Images de surfaces : ombrages, topographiques

– Détecteur à 4 cadrans

– Échantillons secs mais pas de métallisation nécessaire

Microscopie Photonique  (salles 307D et 307E)

Cathodoluminescence Luminoscope ELM-3R sur loupe binoculaire Leica MZ12 + caméra Luminera Infinity 3-5C (5MP)

Cathodoluminescence OPEA Cathodyne sur microscope trinoculaire Olympus BH2 + caméra Tucsen H series à effet Peltier

Microscope polarisant binoculaire Zeiss Axiophot + caméra Luminera Infinity 2-3C (3MP)

Macroscope Nikon AZ100 avec éclairages par épiscopie et lumière transmise + épifluorescence UV à source LED COOLLED PE100 + platine à microthermométrie Linkam pour l’analyse des inclusions fluides

Macroscope Wild M420 + caméra Zeiss Axiocam ICc3 (3MP), avec éclairages par épiscopie et lumière transmise

Loupe binoculaire Leica MS5 avec éclairage par épiscopie

Microscope binoculaire polarisant Nachet Andromède

Microscope trinoculaire polarisant Nikon E200MV + caméra Nikon 5MP

Fluorescence X  (salles 307D et 307E)

Appareil de micro-fluorescence bidimensionnelle à rayons X M4 Tornado (Bruker) : cartographies chimiques d’échantillons

Spectromètre à fluorescence X portatif Bruker Titan S1 Le, équipé d’une cage auto-protégée (utilisation à poste fixe) et contrôle par le logiciel S1 Remote : analyses ponctuelles d’éléments légers

Photographie (salle 307H)

Banc photo équipé d’1 appareil photos Nikon D750 muni d’objectifs :

– AF-S Micro Nikkor 105mm 1:2.8G

– AF-S Nikkor 17-55mm 1:2.8G

Dernière mise à jour : 14/06/2018