Fragmentation des habitats et interactions hôtes-parasites

Début de thèse : octobre 2017

Financement : école doctorale ES

Encadrants : Bruno Faivre et Stéphane Garnier

Soutenue le 29 avril 2021

Résumé

La fragmentation des habitats est l’une des principales menaces pesant sur la biodiversité mondiale et malgré une abondante littérature concernant ses impacts sur l’abondance et la diversité des espèces, ses conséquences à l’échelle des processus écologiques et évolutifs restent relativement méconnues. Dans ce contexte, en plus d’être une composante majeure de la biodiversité, les parasites pourraient être des acteurs-clefs des changements de biodiversité observés en milieu fragmenté. Cette thèse vise donc à appréhender l’effet de la fragmentation des forêts sur les interactions hôtes-parasites et s’appuie sur un échantillonnage important mené dans les Petites Antilles et en Guyane française qui a permis de récolter des données morphologiques, génétiques et parasitologiques pour environ 8000 oiseaux forestiers appartenant à une quinzaine d’espèces.

La fragmentation des habitats conduit d’une part à la réduction de la surface de l’habitat considéré (i.e., perte d’habitat) et d’autre part à des changements de la configuration spatiale des parcelles d’habitat restantes (i.e., fragmentation au sens strict de l’habitat). Les objectifs spécifiques de cette thèse sont donc, dans un premier temps, d’appréhender l’effet relatif de ces différentes composantes de la fragmentation sur les interactions hôtes-parasites, cela à plusieurs niveaux d’organisation (individu, population et communauté) ; puis, dans un second temps, d’explorer quelques mécanismes écologiques (comme la condition corporelle et la diversité génétique de l’hôte ou la compétition apparente entre les hôtes) potentiellement associés à ces effets.

Quel que soit le niveau d’organisation étudié, la fragmentation forestière au sens strict a un effet plus important que la réduction de la surface forestière sur les interactions hôtes-parasites. Par ailleurs, cette thèse met en évidence qu’une augmentation de la prévalence parasitaire en réponse à la fragmentation des habitats est associée (directement ou indirectement) à une baisse de la condition corporelle, une baisse de la diversité génétique neutre et une modification de la diversité immunogénétique (dépendante du marqueur étudié) chez l’hôte mais aussi à une augmentation de la compétition apparente entre les hôtes. L’ensemble de ces relations peuvent ainsi aider à expliquer l’accélération du déclin de la faune sauvage observé actuellement en réponse à la dégradation et la fragmentation des habitats naturels.

Mots-clés

structure du paysage, forêt tropicale, prévalence parasitaire, génétique des populations, réseaux écologiques, compétition apparente

Comité de suivi de thèse

Karen McKoy, IRD Montpellier

Jury de thèse

Élisa Thébault (Sorbonne Université) – rapporteure
Philippe Christe (Université de Lausanne) – rapporteur
Luc Barbaro (INRAE Occitanie-Toulouse) – examinateur
Francis Raoul (Université Bourgogne Franche-Comté) – examinateur
Bruno Faivre (Université Bourgogne Franche-Comté) – directeur de thèse
Stéphane Garnier (Université Bourgogne Franche-Comté) – codirecteur de thèse

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Fragmentation des habitats et interactions hôtes-parasites

Début de thèse : octobre 2017

Financement : école doctorale ES

Encadrants : Bruno Faivre et Stéphane Garnier

Soutenue le 29 avril 2021

 

Résumé

La fragmentation des habitats est l’une des principales menaces pesant sur la biodiversité mondiale et malgré une abondante littérature concernant ses impacts sur l'abondance et la diversité des espèces, ses conséquences à l’échelle des processus écologiques et évolutifs restent relativement méconnues. Dans ce contexte, en plus d’être une composante majeure de la biodiversité, les parasites pourraient être des acteurs-clefs des changements de biodiversité observés en milieu fragmenté. Cette thèse vise donc à appréhender l'effet de la fragmentation des forêts sur les interactions hôtes-parasites et s’appuie sur un échantillonnage important mené dans les Petites Antilles et en Guyane française qui a permis de récolter des données morphologiques, génétiques et parasitologiques pour environ 8000 oiseaux forestiers appartenant à une quinzaine d’espèces.

La fragmentation des habitats conduit d’une part à la réduction de la surface de l'habitat considéré (i.e., perte d’habitat) et d’autre part à des changements de la configuration spatiale des parcelles d'habitat restantes (i.e., fragmentation au sens strict de l’habitat). Les objectifs spécifiques de cette thèse sont donc, dans un premier temps, d’appréhender l’effet relatif de ces différentes composantes de la fragmentation sur les interactions hôtes-parasites, cela à plusieurs niveaux d’organisation (individu, population et communauté) ; puis, dans un second temps, d’explorer quelques mécanismes écologiques (comme la condition corporelle et la diversité génétique de l’hôte ou la compétition apparente entre les hôtes) potentiellement associés à ces effets.

Quel que soit le niveau d’organisation étudié, la fragmentation forestière au sens strict a un effet plus important que la réduction de la surface forestière sur les interactions hôtes-parasites. Par ailleurs, cette thèse met en évidence qu’une augmentation de la prévalence parasitaire en réponse à la fragmentation des habitats est associée (directement ou indirectement) à une baisse de la condition corporelle, une baisse de la diversité génétique neutre et une modification de la diversité immunogénétique (dépendante du marqueur étudié) chez l’hôte mais aussi à une augmentation de la compétition apparente entre les hôtes. L’ensemble de ces relations peuvent ainsi aider à expliquer l’accélération du déclin de la faune sauvage observé actuellement en réponse à la dégradation et la fragmentation des habitats naturels.

 

Mots-clés

structure du paysage, forêt tropicale, prévalence parasitaire, génétique des populations, réseaux écologiques, compétition apparente

 

Comité de suivi de thèse

Karen McKoy, IRD Montpellier

 

Jury de thèse

Élisa Thébault (Sorbonne Université) - rapporteure
Philippe Christe (Université de Lausanne) - rapporteur
Luc Barbaro (INRAE Occitanie-Toulouse) - examinateur
Francis Raoul (Université Bourgogne Franche-Comté) - examinateur
Bruno Faivre (Université Bourgogne Franche-Comté) - directeur de thèse
Stéphane Garnier (Université Bourgogne Franche-Comté) - codirecteur de thèse

extrait:

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titre:

Fragmentation des habitats et interactions hôtes-parasites

date_de_debut:

octobre 2017

titre_these:

Anthropisation des habitats et interactions hôtes-parasites

date_de_debut_these:

octobre 2017

nom:

Perrin

date_de_debut_these_numerique:

201710

date_de_soutenance_these:

29 avril 2021

date_de_fin_these_numerique:

20210428