Variabilités phénotypique et génétique chez la grive à pieds jaunes, Turdus lherminieri, à différentes échelles

Soutenue le 6 décembre 2012

Financement : région Bourgogne, Office national de la chasse et de la faune sauvage

Directeur : Bruno Faivre* ; codirecteurs : Stéphane Garnier* et Cyril Eraud**

* équipe écologie évolutive, UMR CNRS/uB 5561 Biogéosciences, 6 boulevard Gabriel, 21000 Dijon

** Office national de la chasse et de la faune sauvage, CNERA avifaune migratrice, station de Chizé, carrefour de la Canauderie , 79 360 Villiers-en-Bois

Début de thèse : novembre 2009

Le tapuscrit de thèse est téléchargeable sur tel.archives-ouvertes.fr.

Résumé 

La compréhension de l’apparition d’espèces nouvelles est depuis longtemps un problème majeur en biologie évolutive. Dans le cadre de la spéciation, une attention particulière est portée sur l’étude de la structure des populations c’est-à-dire l’agencement spatio-temporel de la diversité biologique permettant de mesurer et d’identifier la nature de la divergence. Cette divergence est dépendante de quatre forces : la dérive génétique, le flux de gènes, la mutation et la sélection, et a largement été étudié au sein des milieux insulaires. En effet, ces milieux ont toujours occupé une place de choix dans l’étude de la diversification du vivant car i) ils fournissent un cadre idéal pour étudier les mécanismes impliqués dans la diversification et ii) ils renferment une faune et une flore originales composées de nombreuses espèces endémiques. Ces espèces endémiques montrent une fragilité singulière de par leur faible effectif et leur aire de distribution restreinte. La grive à pieds jaunes, Turdus lherminieri, est un oiseau forestier et endémique de quatre îles des Petites Antilles : Montserrat, la Guadeloupe, la Dominique et Sainte-Lucie. Quatre-sous espèces ont été décrites sur chacune des îles sur des critères de coloration du plumage mais aucune étude n’a réellement quantifié la divergence entre ces sous-espèces. De plus, cet oiseau voit ses effectifs décliner depuis une quinzaine d’années, ce qui lui vaut d’être protégé sur trois îles alors qu’il est encore chassé en Guadeloupe. Les objectifs dégagés dans cette étude sont : i) d’étudier la structure spatiale des grives et d’en inférer les causes, ii) de retracer l’évolution temporelle récente de la diversité génétique ces populations, iii) de déterminer si les parasites peuvent exercer des pressions de sélection contrastées entre ces populations. Notre étude a permis d’identifier trois clades et quatre îles très différenciées sur le plan génétique et morphologique à confronter aux quatre sous-espèces définies auparavant sur des critères de coloration du plumage. À une échelle spatiale plus fine, la Guadeloupe seule, nous avons constaté des niveaux de différenciation peu communs chez des oiseaux. Enfin, le contexte parasitaire semble lui aussi structuré spatialement et présente des éléments de congruence avec les structurations morphologiques et génétiques. À la suite de cette étude, trois unités de gestion peuvent être définies afin de préserver les populations de grives à pieds jaunes : une première incluant Sainte-Lucie, une seconde incluant la Dominique et une troisième incluant l’ensemble Guadeloupe et Montserrat.

Mots-clés

spéciation ; insularité ; endémisme ; grive à pieds jaunes ; conservation ; Cichlerminia iherminieri

Membres du jury

Emmanuel Fara, université de Bourgogne – examinateur
Patrick Berrebi, ISEM université de Montpellier – rapporteur
Pierre-André Crochet, CEFE université de Montpellier – rapporteur
Luca Fumagalli, université de Lausanne – examinateur
Jacques Blondel, CEFE, université de Montpellier – examinateur
Bruno Faivre, université de Bourgogne – directeur de thèse
Stéphane Garnier, université de Bourgogne – coencadrant
Cyril Eraud, ONCFS – coencadrant

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novembre 2009

date_de_soutenance:

6 décembre 2012

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Variabilités phénotypique et génétique chez la grive à pieds jaunes, Turdus lherminieri, à différentes échelles

Soutenue le 6 décembre 2012

Financement : région Bourgogne, Office national de la chasse et de la faune sauvage

Directeur : Bruno Faivre* ; codirecteurs : Stéphane Garnier* et Cyril Eraud**

* équipe écologie évolutive, UMR CNRS/uB 5561 Biogéosciences, 6 boulevard Gabriel, 21000 Dijon

** Office national de la chasse et de la faune sauvage, CNERA avifaune migratrice, station de Chizé, carrefour de la Canauderie , 79 360 Villiers-en-Bois

Début de thèse : novembre 2009

Le tapuscrit de thèse est téléchargeable sur tel.archives-ouvertes.fr.

 

Résumé 

La compréhension de l'apparition d'espèces nouvelles est depuis longtemps un problème majeur en biologie évolutive. Dans le cadre de la spéciation, une attention particulière est portée sur l'étude de la structure des populations c'est-à-dire l'agencement spatio-temporel de la diversité biologique permettant de mesurer et d'identifier la nature de la divergence. Cette divergence est dépendante de quatre forces : la dérive génétique, le flux de gènes, la mutation et la sélection, et a largement été étudié au sein des milieux insulaires. En effet, ces milieux ont toujours occupé une place de choix dans l'étude de la diversification du vivant car i) ils fournissent un cadre idéal pour étudier les mécanismes impliqués dans la diversification et ii) ils renferment une faune et une flore originales composées de nombreuses espèces endémiques. Ces espèces endémiques montrent une fragilité singulière de par leur faible effectif et leur aire de distribution restreinte. La grive à pieds jaunes, Turdus lherminieri, est un oiseau forestier et endémique de quatre îles des Petites Antilles : Montserrat, la Guadeloupe, la Dominique et Sainte-Lucie. Quatre-sous espèces ont été décrites sur chacune des îles sur des critères de coloration du plumage mais aucune étude n'a réellement quantifié la divergence entre ces sous-espèces. De plus, cet oiseau voit ses effectifs décliner depuis une quinzaine d'années, ce qui lui vaut d'être protégé sur trois îles alors qu'il est encore chassé en Guadeloupe. Les objectifs dégagés dans cette étude sont : i) d'étudier la structure spatiale des grives et d'en inférer les causes, ii) de retracer l'évolution temporelle récente de la diversité génétique ces populations, iii) de déterminer si les parasites peuvent exercer des pressions de sélection contrastées entre ces populations. Notre étude a permis d'identifier trois clades et quatre îles très différenciées sur le plan génétique et morphologique à confronter aux quatre sous-espèces définies auparavant sur des critères de coloration du plumage. À une échelle spatiale plus fine, la Guadeloupe seule, nous avons constaté des niveaux de différenciation peu communs chez des oiseaux. Enfin, le contexte parasitaire semble lui aussi structuré spatialement et présente des éléments de congruence avec les structurations morphologiques et génétiques. À la suite de cette étude, trois unités de gestion peuvent être définies afin de préserver les populations de grives à pieds jaunes : une première incluant Sainte-Lucie, une seconde incluant la Dominique et une troisième incluant l'ensemble Guadeloupe et Montserrat.

Mots-clés

spéciation ; insularité ; endémisme ; grive à pieds jaunes ; conservation ; Cichlerminia iherminieri

 

Membres du jury

Emmanuel Fara, université de Bourgogne – examinateur
Patrick Berrebi, ISEM université de Montpellier – rapporteur
Pierre-André Crochet, CEFE université de Montpellier – rapporteur
Luca Fumagalli, université de Lausanne – examinateur
Jacques Blondel, CEFE, université de Montpellier – examinateur
Bruno Faivre, université de Bourgogne – directeur de thèse
Stéphane Garnier, université de Bourgogne – coencadrant
Cyril Eraud, ONCFS – coencadrant

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Variabilités phénotypique et génétique chez la grive à pieds jaunes, Turdus lherminieri, à différentes échelles

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6 décembre 2012

extrait:

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20121206

nom:

Arnoux

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Variabilités phénotypique et génétique chez la grive à pieds jaunes, Turdus lherminieri, à différentes échelles